脊索動物門中數量最多、結構最複雜、進化地位最高的1亞門。本亞門動物儘管形態結構彼此懸殊、生活方式千差萬別，但均有屬於脊索動物的共同特徵：在胚胎發育早期出現脊索、神經管，咽頭具鰓裂。由於它們①出現瞭明顯的頭部，中樞神經系統成管狀，前端擴大為腦，其後方分化出脊髓；②大多數種類的脊索隻見於發育早期（圓口綱、軟骨魚綱和硬骨魚綱例外），以後即為由單個的脊椎骨連接而成的脊柱所代替；③原生水生動物用鰓呼吸，次生水生動物和陸棲動物隻在胚胎期出現鰓裂，成體則用肺呼吸；④除圓圓口綱外，都具備上、下頜；⑤循環系統較完善，出現能收縮的心臟，促進血液循環，有利於提高生理機能；⑥用構造復雜的腎臟代替簡單的腎管，提高排泄機能，使由新陳代謝產生的大量廢物能更有效地排出體外；⑦除圓口綱外，水生動物具偶鰭，陸生動物具成對的附肢。所以本亞門動物仍比半索動物門、尾索動物亞門和頭索動物亞門動物的結構都高級。
本亞門包括：圓口綱、軟骨魚綱、硬骨魚綱、兩棲綱、爬行綱、鳥綱和哺乳綱。各綱的特征雖然有顯著差別，但組成軀體的器官系統及其功能基本一致。根據功能的不同，脊椎動物的器官系統一般可分為：皮膚系統、骨骼系統、肌肉系統、消化系統、呼吸系統、循環系統、神經系統、排泄系統、泄殖系統、內分泌系統、感覺器官。