1840年鴉片戰爭後，中國由封建社會逐步淪為半殖民地半封建社會，內外矛盾重重，清王朝為瞭維護其統治，被迫對官制和國傢機關進行一些調整和改革。其改革可分為兩個階段：第一階段從第二次鴉片戰爭後設立總理各國事務衙門到戊戌變法失敗；第二階段從1901年清王朝下諭更張法令、變通政治、設立督辦政務處至清王朝覆滅。
第一階段 這一階段的改革主要是設立一些對外機構。第二次鴉片戰爭結束後後，咸豐十年十二月（1861年1月），清王朝為瞭同外國打交道的需要，根據恭親王奕等的奏請，決定設立總理各國事務衙門（簡稱總理衙門）作為清政府的外事機構。它不僅負責辦理對外交涉、通商事務，凡與外國有關的鐵路、電報、關稅、學校等方面的事務，均由其管轄。總理衙門仿照軍機處的體制，主要官員分為大臣和章京兩級。大臣有總理各國事務親王(郡王、貝勒)，總理大臣、總理大臣上行走3種，初僅3人，後增為7～8人，最多時達12人。章京有總辦章京、幫辦章京、章京、額外章京4種，各由滿漢若幹人擔任。此外，還有額外行走滿漢各4人。總理衙門下設英國、法國、俄國、美國及海防等5股，負責辦理各國交涉事務及海防事務；設司務廳、清檔房，負責掌管行政事務及文書檔案工作。受總理衙門管轄的還有同文館和總稅務司。同文館是學習外國語文和科學的學校，其管理大臣由總理大臣中簡任。總稅務司負責掌管各海關征收稅課之事，由咸豐四年(1854)設在上海的江海關演變而來。咸豐十一年(1861)成立全國性的總稅務司，受總理衙門管轄。總稅務司所屬各科、處負責人及各關稅務司各部門的主管人員，都由外國人擔任。外國侵略勢力壟斷瞭清政府的海關稅務權。
總理衙門成立之後，清政府又設立瞭南洋、北洋通商事務大臣。南洋通商事務大臣，通稱南洋大臣，由第一次鴉片戰爭後設立的五口通商大臣演變而來。初由兩廣總督兼職，後由兩江總督、江蘇巡撫兼任，一度成為專職。同治十二年(1873)始由兩江總督兼任成為定制。南洋大臣負責管理東南沿海及長江各口岸的通商交涉事務。北洋通商事務大臣，通稱北洋大臣，咸豐十年底(1861)設立，初為三口通商大臣，設專職。同治九年(1870)由直隸總督兼任成為定制，負責辦理直隸(今河北)山東、奉天(今遼寧)三省通商和交涉事務。南洋、北洋大臣與總理衙門無隸屬、指揮關系，若遇疑難不決之事，始咨商總理衙門定議，電奏大事則由總理衙門代陳。
光緒十一年九月(1885年10月)，清政府設立瞭總理海軍事務衙門，簡稱海軍衙門，管理全國海軍，統一海軍的指揮權。海軍衙門設總理1人，會辦、幫辦各2人，但實權為會辦、北洋大臣李鴻章掌握。他趁機大力擴充北洋海軍。中日甲午戰爭中，北洋海軍覆滅。光緒二十一年(1895)海軍衙門裁撤。
光緒二十四年四月二十三日(1898年6月11日)，光緒皇帝接受維新派的改革意見，頒佈明定國是詔，宣佈變法維新。至八月初六日(9月21日)慈禧發動政變止的103天裡，光緒曾下令成立農工商總局、礦務鐵路總局、郵政局、京師大學堂等新機構，撤銷瞭詹事府、通政司、光祿寺、鴻臚寺、太仆寺、大理寺等冗閑機構。政變發生後，一切新政被廢除，被撤銷的機構全部恢復。
第二階段 此階段先後以“變法”和“預備立憲”的名義進行瞭一些改革。
推行“新政”與調整中央機關 光緒二十六年(1900)，八國聯軍攻陷北京，慈禧、光緒逃亡西安。為瞭挽救清王朝的統治危機，清政府企圖借用改革政治以求自強，安撫人心，穩定政局。光緒二十六年十二月十日(1901年1月29日)下詔“變法”，要求政府大員、各省督撫，就現存情弊，考酌中西政治，舉凡國章朝政、吏治民生、學校科舉、軍制財政等，當因當革，當省當並，各抒己見，通限兩月內條議以聞。光緒二十七年三月(1901年4月)，諭令設立督辦政務處，總辦“新政”事務。
光緒二十七年六月（1901年7月），在與外國侵略者議和期間，清政府按侵略者的意見，下諭改總理衙門為外務部，班列六部之前。外務部設總理親王、會辦大臣、會辦大臣兼尚書各1人，左右丞、左右參議各1人。部內設和會、考功、榷算、庶務等4司，俄、德、法、英、日本等5處及司務廳。外務部的職掌范圍比總理衙門更為廣泛。光緒二十八年正月(1902年3月)，下諭裁撤瞭詹事府和通政司兩衙門。
繼設外務部之後，光緒二十九年七月（1903年9月）下諭增設商部，內設保惠、平均、通藝、會計等4司及司務所等機構。在長期重農抑商的中國設立商部確是一大變化。光緒三十一年九月(1905年10月)，下諭設立巡警部，內設警政、警法、警保、警學、警務等5司。同年十一月(1905年12月)又下諭，“停科舉以廣學校”設立學部，內設總務、專門、普通、實業、會計等4司和若幹視學官。增設的各部均設尚書1人，左右侍郎、左右丞、左右參議各1人。
預備立憲與官制的調整和改革 光緒三十一年六月(1905年7月)為瞭抵制日益高漲的民主革命運動，並拉攏資產階級立憲派，以擺脫政治上的困境，清王朝派載澤等5大臣分赴東西洋各國考察政治，以便“擇善仿效”。同年十月設立考察政治館，研究各國政治與中國體制相宜者，纂訂成書，隨時呈進。光緒三十二年六月(1906年8月)，載澤等5大臣考察歐美、日本回國後奏請立憲。載澤在奏折中提出，立憲可使皇位永固，外患漸輕，內亂可彌。並說明“今日宣佈立憲，不過明示宗旨為立憲預備。至於實行之期，原可寬立年限”。這一意見受到慈禧的賞識。同年七月清政府宣佈仿行憲政，提出立憲的原則是“大權統於朝廷，庶政公諸輿論”，強調預備立憲先從“厘定官制”入手。隨後派要員裁定中央官制，對中央機關進行瞭調整。內閣、軍機處照舊，各部院調整為：外務部、吏部、民政部(巡警部改)，度支部(戶部改，財政、稅務兩處並入)，禮部(太常、光祿、鴻臚三寺並入)，陸軍部(兵部改，練兵處、太仆寺並入)，法部（刑部改），農工商部(工部並入商部)，郵傳部（新設，專管輪船、鐵路、電線、郵政方面的工作），理藩部(理藩院改)。各部均隻設尚書1人，侍郎2人，承政廳設左、右丞，參議廳設左、右參議。各部尚書均為參預政務大臣。大理寺改為大理院專司審判。都察院改設都禦史1人，副都禦史2人。六科給事中改為給事中。宗人府、翰林院、欽天監、鑾儀衛、太醫院、各旗營、侍衛處、步軍統領衙門、順天府、倉場衙門，均保留不變。
光緒三十三年五月(1907年7月)，清政府又下諭改革地方官制，決定在東三省先行開辦，然後逐步推廣。地方官制改革主要內容有：①各省在督撫下設佈政司、提學司和提法司(提刑按察司改)，勸業道和巡警道（兩道均為新設）。佈政司掌管戶口財賦，考核地方官吏。提學司主管教育行政。提法司主管司法行政，監督各級審判廳，調度檢察事務。勸業道專管全省農工商及交通、驛傳事務。巡警道專管全省巡警、消防、戶籍、營繕、衛生事務。後部分省還設有交涉使司，辦理公眾交涉事務。②規定督撫衙門幕職的設置。督撫衙門內設秘書員1人，以及交涉、吏、民政、度支、禮、學、軍政、法、農工商、郵傳等科，各科設參事員1人。秘書員、參事員均不作為官缺，由督撫自行徵辟，辦事得力者，督撫可隨時保薦，以備簡擢。③司法與行政分立。各省設高等審判廳、地方審判廳和初級審判廳三級審判機關，分別受理訴訟及上訴案件。④守道和巡道一律裁撤，酌留兵備道。
設立資政院與諮議局 光緒三十二年九月（1906年11月），裁定中央官制的上諭中提出應增設資政院。次年八月(1907年9月)，下諭設立資政院以立議院基礎。光緒三十四年六月(1908年7月)至宣統元年七月（1909年8月），陸續公佈資政院院章。資政院設正、副總裁各1人，秘書長1人。總裁以王公大臣著有勛勞通達治體者，由皇帝特簡充任。副總裁以三品以上大員著有才望學識者，特簡充任。秘書長由正、副總裁遴保請旨簡放。資政院議員有民選和欽選兩種，定額各100名（後實選各98名），任期均為3年。民選議員由各省諮議局議員互推；欽選議員又分：宗室王公世爵、滿漢世爵、外藩王公世爵、宗室覺羅、各部院衙門官、碩學通儒、納稅多額者七類。正副總裁、秘書長雖非議員，但因實際主持院務及會議，實屬欽選范疇。資政院有權議決國傢歲出入預算、決算事件，稅法及公債事件，新訂法典及嗣後修改事件，以及其餘奉特旨交議事件。資政院沒有制定和修改憲法的權力，不具國會性質。掌握行政實權的內閣對資政院不負任何責任。資政院的會議分常年會議與臨時會議。常年會議每年1次，會期3個月。臨時會議無定次，每次以1個月為準。臨時會議由總裁、副總裁或過半數議員的陳請，候特旨召開，宣統三年六月(1911年7月)改為隻能由皇帝特旨召開。資政院設秘書廳，在秘書長領導下掌管文牘、會計、會議記錄及一切庶務工作。
光緒三十三年九月(1907年10月)，諭各省督撫在省會設諮議局。次年六月(1908年7月)，清政府頒佈瞭《各省諮議局章程》及《諮議局議員選舉章程》。至宣統元年九月(1910年10月)各省諮議局(除新疆緩辦外)均開局議事。“諮議局欽遵諭旨為各省采取輿論之地，以指陳通省利病，籌計地方治安為宗旨”。諮議局議員名額比照科舉考試錄取名額和漕糧數目確定。議員采取復選舉法選任，即先由“合格選舉人”選出“選舉議員人”，再由這些人選舉出議員，議員任期3年。合格選舉人的條件是：凡屬本省籍貫年滿25歲的男子，並曾在本省辦教育或公益事業3年以上著有成績者，中學畢業或舉貢生員出身者；曾任文官七品或武官五品未被參革者；在本省有5000元以上營業資本或不動產者。合格選舉人在總人口的比例中很低，如較高的山西省占0.5％，江蘇省隻約占0.18％。諮議局設議長、副議長各1人，常駐議員若幹人，均由議員互選。諮議局設辦事處，處理文牘、會計及一切庶務。辦事處設書記長1人、書記4人，由議長選請督撫委派。諮議局的職權有：①議決本省應興應革事件；②議決本省預算決算、稅法公債及增加負擔事件；③議決本省單行規程之增刪及權利之存廢事件；④選舉資政院議員；⑤申復資政院、督撫諮詢事件；⑥公斷和解本省自治會爭議、收受自治會及人民陳請事件。諮議局的會議，常年會每年1次，會期40天，必要時可召開臨時會，一般為20天。諮議局議定可行事件須呈候督撫公佈施行，采納與否全憑督撫，如諮議局與督撫意見不一致，由督撫將全案咨送資政院以待決定；而資政院議決事件均須請旨裁奪，予奪之權操在皇帝手中。督撫認為諮議局議事越權不聽勸告，就可下令停止會議；認為議決事件有“輕蔑朝廷”、“妨害國傢治安”時，督撫得奏請解散。
設立責任內閣、弼德院與軍諮府 宣統二年十月（1910年11月），迫於立憲派的請願活動，清王朝宣佈縮短預備立憲期限，定於宣統五年(1913)召開國會，在此之前先設立責任內閣，作為君主立憲政體的國傢最高行政管理機關。宣統三年四月(1911年5月)責任內閣成立，任命慶親王奕劻為內閣總理大臣，大學士那桐、徐世昌為協理大臣，同時還任命瞭外務、民政、度支、學務、陸軍、海軍、司法、農工商、郵傳、理藩等10個部的大臣。總理大臣、協理大臣及各部大臣，均為國務大臣，輔弼皇帝擔負責任。總理大臣為國務大臣之領袖，主持內閣會議時為議長。設政事堂為內閣會議議事之所。內閣會議的議事范圍有：①法律案、敕令及官制；②預決算案及預算外的支出；③條約及重要交涉；④奏任官之進退；⑤各部權限爭議及各部重要行政事件；⑥特旨交議及議院移送的人民陳請事件；⑦依法應經閣議或總理大臣及各部大臣認為應經閣議事件。在內閣總理、協理大臣下設丞1人，綜理閣務，內閣所屬機構有承宣廳及制誥、敘官、統計、印鑄4局。各廳、局設正副廳、局長。內閣設法制院，直隸內閣總理，負責厘定法制，編纂法規。法制院設院使、副使各1人，參議4人，參事、僉事、錄事各若幹人。在成立責任內閣的同時，宣佈撤銷原有的內閣、軍機處、會議政務處（督辦政務處改稱）、憲政編查館（考察政治館改）、吏部、中書科、稽察欽奉上諭事件處、批本處等機構。責任內閣13名閣員中，有滿員9人、漢員4人，滿員中皇族又占6人。當時被稱為“皇族內閣”，受到輿論的反對。武昌起義勝利後，資政院奏請罷皇族內閣，奕劻、載澤等自請罷斥或開去職務。宣統三年九月十九日(1911年11月9日)資政院“公舉”、宣統上諭任命袁世凱為內閣總理大臣，組成以袁世凱為首的內閣。
為瞭防止責任內閣權重，宣統三年四月十日（1911年5月8日），清廷下諭設立弼德院，作為與內閣相對峙的機關，“該院權限與內閣相維系”。弼德院是皇帝親臨顧問國務的地方，設正、副院長各1人，顧問大臣32人，均以著有勛勞、富有政治經驗者擔任；設參議官10人，以富有政治經驗者擔任。現任國務大臣、宗人府、內務府大臣可候旨兼任弼德院顧問大臣。凡關於皇室及憲法附屬法令、外交條約、內治重要者，均由弼德院擬議具奏。弼德院在院長下設秘書廳，掌管文牘、會計、議事紀錄及一切庶務。秘書廳設秘書長1人，秘書官若幹人。
宣統三年四月十日（1911年5月8日），諭令在軍諮處的基礎上設立軍諮府。軍諮府具有總參謀部性質。軍諮府在軍諮大臣下設軍諮使2人、副官2人、遞事長1人。辦事機構計五廳二局，其中總務廳由軍諮使領導，其一至四廳，每廳設廳長1人、副官1人，每廳設4科。二局為測地局與軍事官報局。此外，還設參議官15人，由各省協都統及正副參領充任。同年六月(1911年7月)，清政府還將禮部改為典禮院。同年八月(10月)，將鹽政處改為鹽政院，由度支大臣兼任鹽政大臣。
鴉片戰爭後，清政府不斷改革官制，企圖借用資本主義政治制度的形式來裝飾封建君主專制制度，以維護其政治統治。但這些都不能改變封建君主專制制度滅亡的命運。1911年辛亥革命推翻瞭清王朝，結束瞭統治中國兩千多年的封建帝制。