民國時期掌管蒙古、西藏等地區少數民族事務的中央機關。辛亥革命後，廢清理藩院，設蒙藏事務局，隸內務部，掌管蒙古、西藏等地少數民族事務。北洋政府任命姚錫光為副總裁兼署總裁。1914年，袁世凱廢止國務院官制改設政事堂後，將蒙藏事務局改為直屬大總統府的蒙藏院，地位與各部相同，置總裁、副總裁，以貢桑諾爾佈任總裁、熙彥任副總裁。下置參事、僉事、主事、司長、秘書、翻譯官等職；下設參事、秘書兩室，總務廳及第一、第二兩司。總務廳複分編纂、統計、翻譯、會計、出納、庶務、承值等等七科；第一司復分民治、勸業、邊衛三科；第二司復分封敘、宗教、典禮三科。南京國民政府成立後，於1928年改蒙藏院為蒙藏委員會，先直屬國民政府，後改隸行政院，為中央主管蒙藏政務之最高機關，特任閻錫山為委員長，指定趙戴文為副委員長。下設蒙事處、藏事處、蒙藏教育委員會、編譯室、調查室等。其直屬機關有駐北平辦事處、蒙藏學校、蒙藏訓練班、駐印通迅處、蒙藏招待所、蒙藏旬報社、張傢口臺站管理局、殺虎口臺站管理局、古北口臺站管理局、喜峰口臺站管理局。此後，蒙藏委員會以1929年6月17日國民黨第三屆中央執行委員會第二次全體會議通過的《關於蒙藏之決議案》為指導，著手調查蒙藏情況，革新行政制度，興辦教育及籌備自治等項工作。1932年，復協助行政院解決康藏糾紛，使歷經數載的紛爭得以平息。1940年，國民政府特派蒙藏委員會委員長吳忠信為專使入藏，主持第十四世達賴喇嘛坐床典禮。4月1日在拉薩成立蒙藏委員會駐藏辦事處，以加強中央政府與西藏之間日常事務之處理及商洽事項，西藏與中央之關系亦日臻密切。1949年8月10日，國民政府特派蒙藏委員會關吉玉為專使，在青海省塔爾寺主持第十世班禪坐床典禮，並頒發漢藏文合璧的“西藏班禪行轅堪佈會議廳”印鑒。