蒙、元時期先後行用兩種蒙古文字。一是蒙古畏兀字，一是八思巴蒙古字。它在發展民族文化，保存蒙、元時期豐富的文化遺產等方面起瞭重要作用。
蒙古畏兀字 創制於成吉思汗時期（1206～1227）。蒙古原無文字，據《蒙韃備錄》、《黑韃事略》等書記載，慣用刻木記事。成吉思汗建國時，以畏兀字母書寫蒙古語，稱為蒙古畏兀字。畏兀字即古回鶻字，源於粟特字，是一種拼音文字，創始於8世紀。原為自右右向左橫寫，後改為自左向右豎寫。共有字母二十個左右，各時期有所增損。蒙古畏兀字以畏兀字母拼寫蒙古語言，亦自左向右豎寫。自1206年以來，逐漸在蒙古族中行用。蒙元統治者用以書寫詔令文書，並曾用以譯寫《孝經》、《資治通鑒》、《貞觀政要》等漢文典籍。現存蒙古畏兀字文獻，最早者為蘇聯列寧格勒所存1225年移相哥刻石（或稱成吉思汗石）文字五行。中國所藏1240年紫微宮碑蒙古畏兀字三行（《元代白話碑集錄》）也是較早的一種。元朝建國以後，刊有蒙古畏兀字的碑石，現有多種留存在中國各地。北京故宮圖書館藏有元代刊刻的蒙古畏兀字與漢字對譯的《孝經》，是罕見的古籍。元世祖忽必烈命八思巴制作蒙古字頒行後，蒙古畏兀字不再作為官方文字，但仍在民間行用。
八思巴蒙古字 元世祖忽必烈在1260年即位後，封授吐蕃薩斯迦喇嘛八思巴為國師，命他制作蒙古字。至元六年(1269)正式頒行，稱為蒙古新字，次年又改稱蒙古國字。至元八年規定：“今後不得將蒙古字道作新字。”八思巴新制的蒙古字由此成為官方法定的文字。這種蒙古字系依據藏文字母改制而成。藏文字母來源於梵文字母，橫行拼寫。八思巴制蒙古字，改為方體，自上而下直寫，自右向左行，當是參照瞭蒙古畏兀字和漢字的書寫及構字方式。八思巴蒙古字共有字母四十多個，用以拼寫蒙語，也拼寫漢語。字母基本通用，但有些字母在拼寫蒙語和漢語時，代表的音值不同。現存八思巴蒙古字文獻，主要是保留在中國各地的碑石和歷代收藏的拓本，以及官印、錢鈔等文物上。廣東南華寺保存的元仁宗愛育黎拔力八達聖旨原件，是現存元代八思巴蒙古字的珍貴文獻。《事林廣記·蒙古字百傢姓》和傳寫本《蒙古字韻》將漢字與拼寫漢語的八思巴蒙古字對照，是當時的識字課本。此外，現在還可見到八思巴蒙古字拼寫藏語的佛經殘片。至元六年元世祖頒行新字的詔書，曾明確規定，以新制的蒙古字“譯寫一切文字”，實際上是企圖以一種通用字母拼寫蒙、漢、藏等各民族的語言。這是中國文字史上的一次創造性的嘗試，也是制作漢語拼音字的第一次嘗試。但由於同時兼顧幾個民族的語言，在表示音值和構制字體時都不免存在各種缺陷。采用漢字方體字形拼寫蒙語，以一個方體字拼寫一個音綴，致使語詞割裂，不易識讀，不如蒙古畏兀字以詞為單位構字，便於讀寫。
八思巴字百傢姓《事林廣記》卷五/續集十二下
元朝一代，八思巴蒙古字始終作為官方文字行用。元朝亡後，北元也還用以鑄造官印。此後，八思巴蒙古字漸不通用。蒙古畏兀字經過改革，沿用至今。