機體執行免疫功能的器官、組織、細胞和分子的總稱。器官包括胸腺、法氏囊或囊類同器官、淋巴結、脾臟、扁桃體；組織指機體內（特別是消化道、呼吸道粘膜內）存在的許多無被膜的淋巴組織；細胞主要指淋巴細胞、單核吞噬細胞、粒細胞；分子主要指免疫球蛋白、補體、淋巴因數以及特異性和非特異性輔導因數、抑制因數等參與機體免疫應答的物質。免疫系統各組分功能的正常是維持機體免疫功能相對穩定的保證。任何一組分的缺陷或功能的亢進都會給機體帶來損害。
免疫系統各組分廣佈全身，錯綜復雜，特別是免疫細胞和免疫分子在機體內不斷地產生、循環和更新。免疫系統具有高度的辨別力，能精確識別自己和非己物質，以維持機體的相對穩定性；同時還能接受、傳遞、擴大、儲存和記憶有關免疫的信息，針對免疫信息發生正和負的應答並不斷調整其應答性。因此，免疫系統在功能上與神經系統和內分泌系統有許多相似之處。
免疫器官 依其發生和作用的不同分為兩大類。一類為中樞免疫器官，包括胸腺、法氏囊或囊類同器官。這類器官發育較早，是免疫於細胞分化增殖為T細胞的場所。淋巴細胞在這裡增殖時不需要抗原的刺激，T細胞或B細胞增殖後即被輸送到外周免疫器官，決定著外周免疫器官的發育。另一類為外周免疫器官，發育較遲，其淋巴細胞最初是由中樞免疫器官遷移而來，必須有抗原的刺激才能增殖，在增殖後執行免疫的功能。這類器官也是發生免疫應答的場所。
胸腺 T細胞發生發育和向外周免疫器官輸送T細胞的中樞免疫器官。在人類，胸腺呈不規則扁平三角形，在胸腔縱隔上部、胸骨之後，由第三、四咽囊腹側演化發育而成，表面有締結組織成分的被膜。被膜深入胸腺實質，形成胸腺隔，將其分成不完全分隔的小葉。小葉周邊為皮質，深部為髓質。皮質主要含淋巴細胞（又稱胸腺細胞）和網狀細胞；髓質主要含網狀上皮細胞。胸腺的大小與結構隨年齡和機體的生理狀態而變化：胚胎後期和出生後兩歲以內發育較快，重約10～15克；至青春期增加到30～40克；以後逐漸退化，到60歲僅有10～15克左右。這種退化主要是由於胸腺皮質淋巴細胞的減少。胸腺的淋巴細胞在胚胎期來自卵黃囊壁血島的多能幹細胞，在出生後來自骨髓的造血幹細胞。網狀細胞產生胸腺因子，促進胸腺內和遠離胸腺的淋巴細胞的發育。較為明確的胸腺因子有胸腺素、血清胸腺因子、胸腺體液因子和胸腺生成素。淋巴細胞在胸腺因子的影響下逐漸發育成熟，並從皮質的淺層向深層遷移。在成熟過程中，淋巴細胞大部死亡，隻有很少一部分能分化、發育，並向髓質遷移，最後成熟為胸腺依賴性淋巴細胞（簡稱T細胞），然後離開胸腺進入外周血液，定居於外周免疫器官脾臟和淋巴結的胸腺依賴區，發揮細胞免疫功能。與此同時，胸腺的重要性就降低瞭。
法氏囊 又稱腔上囊。在禽類中，是B細胞發育和輸送B細胞的中樞免疫器官，因由意大利解剖學傢和外科醫生H.法佈裡齊烏斯發現而得名。它位於禽類泄殖腔背側，又名腔上囊，由泄殖腔背側壁的內胚層上皮與周圍的間充質分化發育而成，呈梨形或圓形，有許多皺壁向囊腔凸出的盲囊狀結構，囊的皺壁內有大量的淋巴濾泡（即淋巴小結）。淋巴濾泡分皮質和髓質兩部分：皮質主要含小淋巴細胞和網狀細胞，髓質主要含大淋巴細胞和網狀細胞。法氏囊的大小和結構隨禽類的年齡和生理狀況而變化。法氏囊中的幹細胞來自囊外器官，有人說來自卵黃囊，也有人說來自胚內其他造血部位，它們在囊中分化為具有表面免疫球蛋白的 B細胞。至於引起分化的原因，說法不一，有人認為由於囊內的激素，有人認為由於囊內的微環境，也有人認為由於囊腔物質的作用，至今尚無定論。B細胞在囊中成熟後，即分化增殖成囊依賴性淋巴細胞。哺乳動物無法氏囊，淋巴細胞是在囊類同器官的骨髓中發育成骨髓依賴性淋巴細胞。這些細胞均簡稱為B細胞。B細胞進入外周血液，定居於淋巴小結(即囊依賴區)。進入外周免疫器官的淋巴細胞生命較短，若與抗原相遇，可進一步分化增殖，在外周免疫器官中形成生發中心，一部分變成抗體形成細胞，一部分變成長壽記憶細胞進入再循環池，發揮體液免疫的功能。在胚胎期摘除法氏囊的小雞，由於外周免疫器官缺乏 B細胞，當受到抗原刺激時，就會出現體液免疫缺損，但其細胞免疫不受損害。
骨髓 多數人認為骨髓是相當於法氏囊的中樞免疫器官，少數人認為扁桃體、闌尾、腸壁淋巴結、淋巴結（在人類也可能是肝、脾）等是囊類同器官。骨髓，特別是紅骨髓，是哺乳動物出生後最重要的造血器官。它不僅產生紅細胞，而且產生多種粒細胞、單核吞噬細胞和淋巴細胞。骨髓還存在各種造血幹細胞。經射線照射而喪失或降低瞭的免疫功能，可因移植同種相容性骨髓而恢復，因此人們認為骨髓是中樞免疫器官。人在嬰兒時，骨髓廣佈於骨髓腔中，在成年後則分佈於長骨骨骺和其他骨的骨松質中。成人的骨髓腔多被黃髓脂肪細胞充填形成黃髓，平時無造血功能，但在嚴重貧血時，仍可轉變成紅骨髓，重新造血。
淋巴結 大小不等(直徑1～25毫米)的、沿淋巴管廣泛分佈於全身的豆形器官。它以網狀組織為支架，外由結締組織包被。其淋巴細胞來自中樞免疫器官，可受抗原刺激而分化增殖，所以稱淋巴結為外圍免疫器官。淋巴結分為淺層皮質部分和深層的髓質部分，皮質淋巴組結又分化為淋巴小結和較深層的彌漫淋巴組織兩部分。在動物初生尚未接觸抗原時，淋巴小結由來自中樞免疫器官法氏囊或囊類同器官的小淋巴細胞充填在網狀細胞所形成的支架中，這時的淋巴小結稱為初級淋巴小結，又稱囊依賴區或骨髓依賴區。動物在接受抗原刺激以後，淋巴細胞開始分化增殖，淋巴小結中佈滿分化程度不等的、大小不一的B細胞，這時的淋巴小結稱為次級（或二級）淋巴小結，又稱生發中心。生發中心也存在著許多巨噬細胞和少量的 T細胞。彌漫淋巴組織位於淋巴小結與皮質深層（副皮質區）之間，因皮質深層的網狀細胞支架中，分佈著來自中樞免疫器官胸腺的小淋巴細胞，故又稱此區為胸腺依賴區。囊依賴區存在少量T細胞，胸腺依賴區存在少量B細胞，兩種細胞的混合分佈對體液免疫中T細胞和B細胞的協同作用很有關系。皮質深層有許多毛細血管後微靜脈，它在淋巴再循環過程中，是淋巴細胞自血循環進入淋巴結的部位。髓質中的髓索呈條索狀，其淋巴組織主要為B細胞、漿細胞，在免疫應答時，漿細胞大量增加。被膜、小梁、淋巴小結和髓索相互之間的空隙稱為淋巴竇，竇壁由網狀細胞構成。竇內的大量巨噬細胞可清除淋巴結內的異物，並將抗原提呈給淋巴細胞。淋巴結內的淋巴細胞約有70％為T細胞。淋巴結的主要功能是濾過淋巴液和清除異物，有淋巴濾器之稱。主要表現於單核吞噬細胞的吞噬作用（屬於非特異性免疫）和淋巴細胞在受抗原刺激之後發揮的免疫應答（屬於特異性免疫）。
脾臟 機體內最大的淋巴器官，也是血流通路中的濾過器官。脾臟分紅髓和白髓兩部分。白髓散在於紅髓中，由密集的淋巴細胞構成，沿中央小動脈的周圍分佈，形成動脈周圍淋巴鞘和淋巴小結兩個部分。動脈周圍淋巴鞘又稱淋巴索，是T細胞聚集的地方。淋巴小結又稱脾小結，為橢圓形淋巴組織，分散在動脈周圍淋巴鞘中，主要位於中央小動脈的分支處。脾小結是 B細胞聚集的場所，可有生發中心。白髓和紅髓之間有厚80～100微米的移行區域，稱邊緣區，這是在淋巴再循環中，淋巴細胞離開血液進入脾實質的部位。紅髓在白髓周圍，含有大量紅細胞，所以肉眼觀察脾為暗紅色。紅髓分髓索和血竇兩個部分。血竇占據紅髓的大部分，互相連接成網，將淋巴組織分隔為不規則的索狀結構，形成髓索。髓索是B細胞居留的地方，又含有許多巨噬細胞和漿細胞，其作用是濾除衰老的紅細胞、異物和病原體。血液在髓索中濾過後進入血竇。血竇是個血庫，既可貯存和調節血量，又有造血功能。脾內的淋巴細胞約50～65％是B細胞。B細胞受抗原刺激後可轉變為漿細胞，產生大量的抗體，所以脾與體液免疫有較大關系。
免疫細胞 見免疫活性細胞。