明代的地方軍事機構。在不設府、州、縣地區也兼理民事，具有行政職能，為明代地方行政制度的組成部分。
都司 都指揮使司的簡稱，俗稱行司、都閫。原為都衛，即都衛指揮使司。洪武三年(1370)起，陸續設杭州、江西、燕山、青州、河南、西安、太原、武昌、定遼、大同、成都、廣東、建寧、廣西、福州等都衛。七年於河州設西安行都衛指揮使司。八年改都衛為都司、行都衛為行都司，以杭州為浙江、燕山為北平、、青州為山東、西安為陜西、太原為山西、武昌為湖廣、定遼為遼東、成都為四川、福州為福建都司，改置大同、建寧都衛為山西、福建行都司，計有十三都司。十四年置中都留守司，十五年置貴州、雲南都司，二十年置大寧都司，二十七年置四川行都司。永樂元年(1403)廢北平都司，宣德五年(1430)置萬全都司，成化十二年(1476)置湖廣行都司，嘉靖十八年(1539)置興都留守司。此後遂定制，除南北直隸不置都司外，共有十六都司、五行都司、二留守司。
都司、行都司原隸於大都督府，洪武十三年為防止中央軍權過於集中，分大都督府為五，遂改隸於五軍都督府。嘉靖後，浙江、山東、遼東都司屬左軍都督府，陜西、四川、廣西、雲南、貴州都司及陜西、四川行都司屬右軍都督府，中都留守司、河南都司屬中軍都督府，興都留守司、湖廣、福建、江西、廣東都司及湖廣、福建行都司屬前軍都督府，大寧、萬全、山西都司及山西行都司屬後軍都督府。
都司、行都司等掌一省或一方的軍政，統轄所屬衛所。十六都司中，有十三都司與佈政使司、按察使司同名同治，即十三省都司，其治所為省會。有事都、佈、按三司合商，序銜都司在佈、按二司之上。行都司為與省不同治的都司，皆置於邊境海疆；留守司主要防衛皇陵及顯陵。除十三省都司外，其他各都司、行都司、留守司的治所如下表：
都司、行都司、留守司治所表
衛所 衛是衛指揮使司的簡稱；所分千戶所及百戶所。明太祖朱元璋在統一全國過程中，廢元樞密、平章、元帥、總管、萬戶諸官號，分所部五千人為指揮，千人為千戶，百人為百戶，五十人為總旗，十人為小旗。洪武元年立軍衛法，分屯設兵，控扼要害，一郡（府）者設所，連郡（府）者設衛，自京師至地方皆設衛所。七年更定制度，以五千六百人為衛，千一百二十人為千戶所，百十二人為百戶所。所設總旗二，小旗十。衛設指揮使一人，正三品；指揮同知兩人，從三品；指揮僉事四人，正四品；鎮撫司鎮撫兩人，從五品。千戶所設正千戶一人，正五品；副千戶兩人，從五品；鎮撫兩人，從六品。百戶為正六品，無定員。征伐統於諸將，無事散歸原地。二十三年又設衛軍民指揮使司及軍民千戶所於未設府州縣的邊地，兼理民政事務。
衛所有京衛和外衛的區別。京衛除上直衛親軍及部分非親軍衛外，隸於五軍都督府；外衛即駐在地方的衛所、兩直隸隸於五軍都督府，其他則隸於都司、行都司、留守司。另有王府護衛（護衛王府）和儀衛司（掌侍衛儀仗），等級比千戶所。每衛設前、後、中、左、右五千戶所，如不止五所，則以前前、後後、左左、右右、中前、中後、中中、中左、中右等名。另有守禦千戶所，除少數隸於衛外，皆直屬都司。此外，還有屯田、群牧等千戶所。
衛所廢置不常，據《大明會典》記載，萬歷初有內外衛四百九十三，守禦、屯田、群牧千戶所三百五十九，儀衛司二十五，以及土官隸於都司衛所者宣慰司二、招討司、宣撫司六、安撫司十七、長官司六十四。
禾屯吉衛指揮使司印 印背
禾屯吉衛指揮使司印 印文
衛所軍兵由特定的軍戶充當。編僉軍戶，除元代的原有軍戶外，還有“從征”、“歸附”、“謫發”、“垛集”和“抽籍”等來源。皆屬世籍，隸於兵部。
都司掌一省或一方軍政，衛所統率地方軍隊，原為軍事機構，與地方行政無關。洪武初廢邊境府州縣後，即將該地民政歸於都司衛所兼管，後來在不設府州縣的地區置都司衛所，遂均兼理民政，從而演變為地方行政制度的一部分。
衛所設在府州縣境內，軍戶及屯田錯雜於民間，不能自成區域者，為無實土衛所；衛所置於不設府州縣的地區，轄民戶兼理民政，能自成區域者，為實土衛所。十六都司中，遼東都司全為實土，萬全都司大部為實土，大寧都司初全為實土，永樂初內遷北直隸境內後，無實土。其他十三省都司中，陜西、四川、湖廣、雲南、貴州五都司也轄有實土衛所。五行都司中，陜西、四川行都司全為實土，山西行都司初為實土，正統中內遷山西大同府境內後，無實土，二留守司均無實土。無實土衛所和實土衛所情況比較復雜，難以一一區別。
清初，都司衛所或裁廢，或改置為府州縣，遂不復存在。