由系統科學的概念體系和方法論框架所體現出來的一整套思想、觀點、原理、原則、精神等。系統思想的內容十分豐富，包括整體、結構、環境（開放）、層次、湧現、功能、秩序、資訊、回饋、組織、過程、演化、動態、非線性、迴圈、混沌、優化、綜合集成等觀點，還有部分與整體、內因與外因、合作與競爭、有序與無序、多樣性與一體性、自組織與他組織、確定性與不確定性、穩定性與不穩定性、可預測性與不可預測性等辯證統一的觀點，以及方法論上的分析與綜合、定性與定量、還原論與整體論、精確方法與與模糊方法、線性描述與非線性描述、確定性描述與概率性描述相結合的原則等。一切作為認識對象的事物都是以系統方式存在的，這是系統思想產生的客觀根據。人的思維器官也是作為系統而運作的，這是系統思想產生的主觀根據。作為系統的人類大腦去思考以系統方式存在的客觀事物，必然形成系統思想。隨著全球一體化、社會信息化的迅速發展，科學技術的主戰場轉向處理復雜巨系統問題後，系統思想已成為科學和學術思想中的主導因素。