中國明朝中軍、左軍、右軍、前軍、後軍五都督府的總稱，統領全國軍隊的最高軍事機構。朱元璋初置統軍大元帥府，後改為樞密院，又改之為大都督府，節制中外諸軍事。洪武十三年(1380)分大都督府為五軍都督府。
永樂遷都前，於北京設“行在”中、左、右、前、後都督府。十八年(1420)，定都北京，除“行在”二字，洪熙元年(1425)，複稱“行在”。宣德三年(1428)，罷“行在”都督府。正統六年(1441)，，復建五府，無“行在”字。各都督府設左右都督（正一品）、都督同知（從一品）、都督僉事（正二品），其屬有經歷司經歷（從五品）、都事（從七品）等。都督初間以公、侯、伯為之，可參與軍國大事；後率以公、侯、伯署府事，同知、僉事參贊軍事。留在南京者稱南京五軍都督府，分領南直隸各衛所。
五軍都督府分領在京除親軍指揮使司外的各衛所和在外各都司衛所。各府隻有統兵權，調兵之權在兵部，每逢戰事發生，由皇帝命將為帥，調領五軍都督府所轄衛所之兵佩印出征。軍還即歸印於朝，兵回衛所。其設置為加強皇權的重要步驟之一。