某些為酶催化活性所必需的，與酶蛋白疏鬆結合的小分子量的有機物質。
一部分酶除蛋白質部分外，尚含有對它們的功能直接有關的一些無機或有機成分，這些成分統稱為酶的輔因數，如果缺少這些成分，酶就顯不出活性。
輔因數包括金屬離子和一些分子量不大的有機化合物。一般常見的金屬離子有鋅離子(Zn2+)、鎂離子(Mg2++)、鐵離子(Fe2+)、銅離子(Cu2+)等，例如醇脫氫酶含鋅、精氨酸酶含錳、而多酚氧化酶則含銅等。
與酶蛋白緊密結合的輔因子稱為輔基。酶的純蛋白部分相對於輔因子而言，則稱為脫輔基酶蛋白或簡稱酶蛋白。無論輔酶或脫輔基蛋白在單獨存在時都不顯示酶活力。
有不少酶既含有金屬輔因子也含有輔酶。許多輔酶是維生素或維生素的衍生物。
作為輔酶的B族維生素及其衍生物 20世紀前50年在維生素研究中的突出成就就是分離和鑒定瞭許多維生素（特別是 B族維生素）並闡明瞭它們在人體內的作用。發現不少維生素類(特別是B族維生素或其衍生物)是有機體中一些重要酶類的輔酶，它們的需要量雖不多但必須從食物中攝取。
硫胺素 即維生素B1。它在生物體內的輔酶形式是硫胺素焦磷酸(TPP)（圖1）。
硫胺素焦磷酸過去也稱為輔羧酶。它在動物糖代謝中起著重要作用，例如丙酮酸在脫羧作用時需要它。在TPP缺少的情況下，代謝中間物丙酮酸不能順利脫羧會積聚於血液和組織中而出現神經炎癥狀。TPP 還是其他酶例如 α-酮酸氧化酶、轉酮醇酶的輔酶。TPP催化的酶反應還需要有鎂離子的存在。
煙酰胺 是一系列酶類的輔酶的前體。
很早就知道煙酰胺可以防止糙皮病。1904年已知酒精發酵時不能缺少一種叫輔酶Ⅰ的物質，1933年這種輔酶Ⅰ被分離出來。1934年德國生化學傢O.瓦爾堡又分離出一個與輔酶Ⅰ相近似的物質，稱為輔酶Ⅱ，並證實瞭煙酰胺是這兩種輔酶的組成部分，現在已經弄清楚輔酶Ⅰ的化學組成是煙酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)（圖2），輔酶Ⅱ的化學組成為煙酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NAD+)。
以NAD+和NADP+為輔酶的酶，稱為吡啶核苷酸（或煙酰胺核苷酸）連接的脫氫酶。這些酶催化細胞內的氧化還原反應。一般說來，與NAD+相連的脫氫酶類通常與呼吸過程有關，而與NADP+相連的則與生物合成反應有關。
核黃素 即維生素B2。參與組成兩種輔酶，是細胞內的氧化還原系統的主要成分，它們是黃素單核苷酸(FMN)和黃素腺嘌呤二核苷酸(FAD)。
FMN和FAD是一系列黃素連接的氧化還原酶或稱為黃素蛋白類的輔酶，從它們與酶蛋白結合緊密的程度來說，也可認為是輔基。這些酶中有的除瞭FMN或FAD外，還需要一些金屬輔助因子，如鐵或鉬離子等。因此它們被稱為金屬黃素蛋白。這些酶催化一系列可逆或不可逆的細胞中的氧化還原反應。
吡哆醛及其衍生物 吡哆醛、吡哆胺和吡哆醇總稱為維生素B6（圖3）。維生素B6參與形成兩種輔酶，即吡哆醛磷酸和吡哆胺磷酸。
需要吡哆醛磷酸或吡哆胺磷酸作為輔酶的酶在氨基酸代謝中特別重要，催化轉氨、脫羧以及消旋作用等。
生物素 作為一些酶的輔基而起輔因子作用。它以共價鍵的形式通過酰胺鍵和脫輔基酶蛋白的一個專一賴氨酰殘基的ε-氨基相連。ε-N-生物素酰-L-賴氨酸稱為生物胞素(biocytin)(圖4)。
需要生物素的酶類能催化二氧化碳的參入(羧化作用)或轉移，因而生物素和二氧化碳的固定密切相關。在羧化作用時還需要腺苷三磷酸(ATP)和鎂離子的存在，此外生物素在蛋白質生物合成中以及轉氨基作用中也起著重要作用。
泛酸 最初作為酵母的生長因子被分離出來。由於在生物中廣泛存在，因而被稱為泛酸。泛酸的輔酶形式是輔酶A（CoA或CoASH），是酶促乙酰化作用的輔助因子（圖5），在生物學上的重要性是作為酰基的載體或供體，在代謝上尤其是脂肪酸的代謝上甚為重要。
葉酸 由於最早是從菠菜葉中被分離出來，故名。
葉酸的輔酶形式是四氫葉酸(圖6)，它作為酶促轉移一碳基團（如甲酰基等）的中間載體而在嘌呤類、絲氨酸、甘氨酸和甲基基團的生物合成中起作用。此外，葉酸在核蛋白的生物合成上也是不可缺少的。
維生素12 在20年代已經發現給病人吃動物的肝能治療惡性貧血，說明肝中有一種因子對惡性貧血有效。現在維生素B12已經被分離提純並且結構也已弄清。維生素B12的結構中有一個咕啉(corrin)環系統，並且含有鈷離子及氰基(CN)，故又稱氰鈷胺素。純凈的維生素B12溶液呈紅色，這也是一般鈷化合物的特征。作為輔酶時，維生素B12中的CN被5＇-脫氧腺苷基團所代替，稱為輔酶B12。這是一個不穩定的化合物，當有氰化物存在或暴露於光照下即轉變為維生素B12。如以5＇-脫氧腺苷基代替式中的黑體-CN基，就是輔酶B12的結構式。
輔酶12 在幾種重要的代謝反應中起作用。在二羧酸的異構作用中，例如在谷氨酸轉化為甲基天冬氨酸的酶促反應中，在乙二醇和甘油轉化為醛類，生物合成甲基基團以及核苷的合成中需要輔酶B12（圖7）。
其他重要輔酶 除瞭 B族維生素成員組成瞭大部分重要的輔酶以外，在生物化學上重要的還有輔酶Q、谷胱苷肽、尿苷二磷酸葡糖(UDPG)、維生素K族等。
輔酶Q(CoQ) 輔酶 Q是生物體內廣為分佈的一類醌類物質，又稱為泛醌。存在於線粒體內膜中，是生物氧化呼吸鏈中的一個不可缺少的氫遞體，具有重要的生理意義。輔酶 Q側鏈的異戊二烯單位的長度對於不同的生物種可以是不同的。
谷胱甘肽(Glutathion) 谷胱甘肽是一個小分子量的胞內三肽，即γ-L-谷氨酰-L-半胱氨酰甘氨酸。在大多數生物細胞中，谷胱甘肽的主要作用是保護一些蛋白質的巰基以維持它們在還原狀態。谷胱甘肽還在生物體內產生的過氧化氫還原上起一定作用，但這些都不是輔酶的作用。谷胱甘肽也作為一些酶的輔酶而起作用，例如它是乙二醛酶(Glyoxalase)及順丁烯二酸單酰乙酰乙酸異構酶(Maleoylacetoacetate isomerase) 的輔酶。谷胱甘肽也是體內甲醛氧化成甲酸反應的輔酶。
尿苷二磷酸葡糖(UDPG) 是核苷二磷酸糖類的一種，作為輔酶主要是在糖類合成中起作用。其他可作為輔酶的核苷二磷酸糖類有尿苷二磷酸半乳糖（UDPGal）、尿苷二磷酸甘露糖（UDPMan）等，他們在糖類合成代謝中是非常重要的。例如 UDPG 作為半乳糖-4- 表異構酶(Galactose-4-epimerase)的輔酶，在D-半乳糖的代謝中起作用：
D-半乳糖-1-磷酸+UDPG
UDPGal+D-葡萄糖-1-磷酸
維生素K族 維生素K族中的某些成員可能在生物體內起某些輔酶作用。如作為輔酶在谷氨酸殘基的羧化作用中的功能已獲得一些線索。
另外，甲基萘醌類（Menaquinone，即維生素K2類）很可能是某些細菌中使二氫乳清酸轉變為乳清酸反應的酶的輔酶。