腕足動物門具鉸綱的1目，因具肉莖孔而得名，化石類型極為多樣，現生種類較少。貝體大小不一，最長可達十幾釐米，最小隻幾毫米。輪廓多半成橢圓形、圓形，少數近五邊形；兩瓣雙凸或背瓣平、腹瓣凸。鉸合線彎短，莖孔常位於喙尖；三角孔為三角雙板覆蓋。殼表一般光滑，隻具同心紋，或在前部出現殼褶；前緣直型或具中槽（可在背瓣或腹瓣）。腹殼內齒板發育或退化；背殼內，在腕棒上有腕環，這是穿孔貝目與小嘴貝目及其他腕足化石的主要區別。腕環形態多樣，主要可分3類：①中脊貝型，隻有兩個側帶帶在前方聯合；②穿孔貝型，腕環短，具橫帶和降帶；③小穿孔貝型，腕環長，由降帶、升帶和橫帶組成，有時可有與中板聯結的復雜結構，腕環前方可具骨刺。肌痕和膜脈痕類似於小嘴貝目。疹殼、鈣質殼常具棱柱狀的第三層。晚志留世至現代。
本目下屬單位的劃分尚無一致的分類方案。影響較大的分類是H.M.繆爾-伍德等(1965)提出的方案，分3個亞目6個超科：
穿孔貝目Terebratulida 早泥盆世至現代
中脊貝亞目Centronellidina 早泥盆世至二疊紀
鴞頭貝超科Stringocephalacea 早泥盆世至
晚二疊世
穿孔貝亞目Terebratulidina 早泥盆世至現代
兩板貝超科Dielasmatacea 早泥盆世至
早侏羅世
穿孔貝超科Terebratulacea 三疊紀至
現代
小穿孔貝亞目Terebratellidina 早泥盆世至
現代
隱弧貝超科Cryptonellacea 早泥盆世至
二疊紀
齊勒貝超科Zeilleriacea 三疊紀至
早白堊世
小穿孔貝超科Terebratellacea 晚三疊世至
現代
這個分類主要據背殼內腕環的特點，分科則以殼內其他特征和外部特征為依據。忽視主基組合特征是這個分類的缺點。
穿孔貝目最早的化石記錄在早泥盆世，可能晚志留世已出現該類動物，但尚少可靠的根據。在早、中泥盆世鴞頭貝超科十分繁盛，中泥盆世的鴞頭貝(Stringoce-phalus；圖1）分佈十分普遍。中泥盆世後該超科的化石急劇減少，晚古生代隻少數代表，二疊紀末全部絕滅。兩板貝超科在早泥盆世有個別代表，以二疊紀和晚三疊世化石較多，在早侏羅世絕滅，其典型屬兩板貝(Dielasma)分佈也十分廣泛。隱弧貝超科隻有幾個化石記錄，限於晚古生代。中生代穿孔貝類的面貌與古生代有很大不同，主要發育穿孔貝超科、齊勒貝超科和小穿孔貝超科。穿孔貝超科在侏羅紀最繁盛，一直延續至今。三橋貝(Sanqiaothyris)是中國重要的穿孔貝化石之一（圖2）。齊勒貝絕滅於白堊紀晚期。小穿孔貝超科在新生代極為繁盛，一直延續至今。中國南祁連山的化石擬下褶貝(Parantiptychia)屬於小穿孔貝超科。
腕環的演化趨向十分明顯，古生代主要是中脊貝型，不論腕環的長短都無橫帶。腕環逐漸復雜化，先發展橫帶，形成穿孔貝型腕環。腕環繼續前伸形成原始的小穿孔貝型，至中生代發展為具升帶的長型腕環。在外部特征上，古生代多半是光滑的球形或卵形，前緣直型；中生代出現許多具殼褶的代表，有明顯的中槽、中隆。背殼內主基也有逐漸復雜的趨向。但到新生代，穿孔貝類外形、主基等又趨於簡化。