古代曾廣泛分佈、現在僅殘存於局部區域內的動物種類或類群，又稱孑遺種。分為兩類:①地理殘遺種。分佈區內大部分已絕滅，隻殘存在局部區域的動物種類。如中國的大熊貓(Ailuropoda melanoleuca)在更新世以來的歷史時期內曾廣泛分佈於中國東部，而現在大部分地區都已絕滅，隻殘留在四川省西部和秦嶺一帶。②系統殘遺種。在動物群的系統演化中絕大多數種類都已絕滅，所剩下的極少數種類。如中國的揚子鰐(Alligatoor sinensis)，就是曾經繁盛一時的世界淡水鱷類中存留的少數系統殘遺種類之一，現它僅分佈於長江中下遊一帶。北美的同屬種密河鱷(A.mississippiensis)亦是這種情況。