明朝政府對出海貿易船貨收取稅課以充兵餉的銀兩。嘉靖年間，北部邊防吃緊，屢屢增兵增餉，嘉靖二十九年(1550)後，京邊歲用多者過五百萬，少者亦三百餘萬。歲入不抵歲出之半，無以支應。因此，明政府開始對東南沿海各地的私人海上貿易活動，仿南宋開海禁增稅收之法，以所入餉軍。隆慶元年(1567)，明廷開海禁，在海澄縣正式設港通商，開徵洋稅，準販東西洋。萬曆初年，議準福建地方官奏請，將稅課充兵餉，是為稅餉。
稅餉由海防官經管，由其向出出海貿易商船發放引票。商人領取引票時須納稅，稱引稅。行東西洋之船，每引稅銀三兩，行雞籠、淡水等地之船，稅銀一兩，後來分別增至六兩和二兩，引稅之外，征稅項目還有“水餉”、“陸餉”和“加增餉”。水餉出於船商，以船闊狹為準。行西洋船闊一丈六尺者，每尺收稅銀五兩，一船需銀八十兩。每多一尺遞加銀五錢；二丈六尺以上闊船，每尺抽稅銀十兩，一船抽稅銀二百六十兩。行東洋船，每船照西洋船丈尺稅則，量抽十分之七。陸餉出於鋪商，以貨物多寡計值征輸，如胡椒每百斤抽稅銀二錢五分，沉香每十斤稅銀一錢六分等。加增餉主要征收船行呂宋的商船，以呂宋無特產，回船大多是銀錢，故征水陸二餉外，每船追加銀一百五十兩，稱“加征”，萬歷十六年(1588)，減至一百二十兩。
這種通商辦法，實際是寓禁於征，力圖使海上私人貿易置於封建政府的控制和支配之下。但稅餉的設立，也表明封建政府在某種程度上對私人海上貿易合法地位的承認，以及中國海上貿易的規模有瞭較大的發展。