中國古代以木、火、土、金、水五種物質屬性來概括自然界一切事物具有共同功能結構的樸素的系統理論。中醫學的理論基礎五行學說理論的實質是建立瞭一個關於一切事物普遍適用的整體結構模型。中醫學不僅運用五行理論作為方法論歸類系統，而且以其生克勝複的回饋聯繫論述人體和自然界保持相對平衡和穩定的原因，藉以說明人體生理功能和病理變化，指導診斷和治療。五行學說在醫學中的應用，使整體觀念進一步強化和系統化，對形成特有的理論體系起瞭巨大的推動作用，並提出瞭亢害承制等新的規律，使五五行理論得到進一步發展。但是，五行學說作為一種直觀樸素的理論，不可避免地存在著許多缺點，諸如簡單的屬性歸類、試圖從特殊的生克功能關系構築普遍適用的系統整體結構模型，不可能完全作出科學的說明。
基本內容 可概括為兩個方面：一是事物屬性的五行歸類，二是事物聯系的五行法則——生克乘侮。
五行歸類是將自然界和人體按木、火、土、金、水五種物質屬性歸納概括為五大類。以自然界的季節和人體五臟為例，則春季和肝臟屬木，夏季和心臟屬火，長夏和脾臟屬土，秋季和肺臟屬金，冬季和腎臟屬水。
五行學說以五行之間生克乘侮的法則來探索和闡述事物之間的相互聯系，以及事物之間的平衡、不平衡乃至復歸平衡的過程和方式。
五行的相生是一行對另一行具有促進、助長和資生的作用，即“母”與“子”的關系；相克是指一行對另一行具有克勝和制約的作用。相生和相克意味著自然界的生態平衡和人體的生理平衡，屬於正常現象。其規律是“比相生，間相勝”：即五行以木、火、土、金、水之序首尾相連，生克不已。其相鄰的各行之間為相生關系，相間的各行之間為相克關系，因此五行相生之序是木生火，火生土，土生金，金生水，水生木；相克之序是木克土，土克水，水克火，火克金，金克木。每一行都同時具有我生、生我、我克、克我四方面的聯系。以木為例：我生者為火，生我者為水，我克者為土，克我者為金。相生和相克是事物不可分割的兩面，在相生之中寓有相克，相克之中也寓有相生。沒有生就沒有事物的發生和發展，沒有克就沒有事物的協調與變化，因此張景嶽《類經圖翼》說：“造化之機，不可無生，亦不可無制。無生則發育無由，無制則亢而為害”。
五行的相乘相侮是指五行之間的生克制化遭到破壞後出現的反常現象。乘，有乘虛侵襲的意思；侮，有恃強凌弱的意思，因其強故能反克。相乘和相侮往往同時出現，當五行中的某一行過於強盛時，一方面它可因亢而無制，加倍地乘襲我克一行，使其更加不足；另一方面也可以憑借強勢，反侮克我一行。例如木過於強盛，則可以加倍地克制土，稱為“木乘土”；也可以反克金，稱為“木侮金”。當五行中的某一行過於虛弱時，則克我一行可相對地加強對它的克制力量，使其更加不足；而我克一行，則可以乘虛進行反克。如木虛時，則金可來乘之，稱為“木虛金乘”；而土可來反侮，稱為“木虛土侮”。五行乘侮的法則打破瞭相克的單向關系，揭示瞭反常情況下五行相克力量的改變、失衡以及復歸平衡的原理。應當說明，五行的協調平衡總是相對的，隨著五行之間的盛衰盈虛而不斷產生“亢則害，承乃制”的變化。由於五行盛衰盈虛是事物運動發展的結果，因此，亢的現象是必然存在的，問題隻在於亢到什麼程度以及是否有所制約，如果是亢而有制，那麼仍屬五行之間的相克現象；如果是亢而失制、機體暫時喪失或降低瞭互相制約的調節作用，則需要用醫藥來幫助恢復其制約的能力。
在醫學中的應用 五行學說應用於中醫學就是以五行歸類的方法以及生克乘侮、亢害承制的變化規律具體地解釋人體生理、病理現象，指導臨床醫療實踐。中醫學的臟象學說是在陰陽五行學說指導下以五臟為中心的理論。五行配五臟曾有四五種不同的配法，後來才確定為現在通行的配屬法，即肝屬木，心屬火，脾屬土，肺屬金，腎屬水，賦予五臟及其類屬以五行的特性。如木性可曲可直、枝葉條達，有生發的特性，而肝體陰而用陽、喜條達而惡抑鬱，有疏泄功能，故以肝屬木。火性溫熱炎上，心陽有溫煦之功，故以心屬火。土性敦厚，能生化萬物，脾能運化水谷精微、營養臟腑肢骸，為氣血生化之源，故以脾屬土。金性清肅收斂，而肺清肅之性，以肅降為順，故以肺屬金。水性潤下，有寒潤、趨下、閉藏之性，腎有藏精主水之功，故以腎屬水。又以五臟為中心，將其與五官、五體、五志、五聲等人體組織器官和生理功能聯系起來。進而將自然界的事物也按五行的性質，用取象比類的方法歸納為五方、五季、五色、五味、五音等。將這些不同的事物用五行與五臟及其類屬聯系起來，使人得以較全面地把握自然界運動和生命運動的變化規律，以此來說明人體的整體性和人與自然界的統一性，從而指導臨床實踐。例如《素問·陰陽應象大論》對木一類事物的看法，認為東方能生風氣，風能使木氣旺盛，木能生酸味，酸能滋養肝臟，肝氣又能滋養於筋，關聯於目，在五色為蒼（青），在五音為角，在五聲為呼，在情志的變動則為怒等，其餘四行以此類推。
人體五臟的功能活動不是孤立而是互相聯系著的。五臟之間既有相互資生的關系，又有相互制約的關系：①用五臟相生說明臟腑之間的聯系。如用木生火即肝木濟心火，說明肝藏血功能正常，有助於心主血脈功能的正常發揮；用火生土即心火溫脾土，說明心主血脈功能正常，血能營脾，脾才能發揮主運化、生血、統血的功能；用土生金即脾土助肺金，說明脾主益氣的功能正常，化生氣血、轉輸精微以充肺，才能促進肺主氣的功能，使之正常宣肅；用金生水即肺金養腎水，說明肺氣肅降，有助於腎藏精、納氣、主水的功能；用水生木即腎水滋肝木，說明腎精可以化生肝血以助肝功能的正常發揮。②用五臟相克說明臟腑之間的聯系。如水克火，腎水上濟於心，可以防止心火之亢烈；火克金，心火之陽熱可抑制肺氣清肅之太過；金克木，肺氣清肅可抑制肝陽的上亢；木克土，肝氣條達可疏泄脾氣之壅滯；土克水，脾土的運化能防止腎水的泛濫。③五臟中每一臟都具有生我、我生、克我、我克的生理聯系。五臟之間的生克制化，說明每一臟在功能上因有他臟的資助，不至於虛損；又能克制他臟，使其不致過亢；本臟之氣太盛則有他臟之氣制約；他臟之氣虛損，又可由本臟之氣補之。如肝木之氣，其虛，則有腎水生之；其亢，則有肺金克之；心火之氣不足，木可生之；脾土之氣過亢，木可克之。這種生克關系把五臟緊密聯結成一個整體。
五臟在生理上相互聯系，在病理上也必然相互影響。本臟之病可以傳至他臟，他臟之病也可以傳至本臟，這種病理上的相互影響稱為傳變。相生關系的傳變包括母病及子和子病犯母兩方面：①母病及子（又稱母虛累子），指疾病的傳變由母臟傳及子臟。如水不涵木，即腎陰虛不能滋養肝木。其臨床表現在腎，為腎陰不足，多見耳鳴、腰膝酸軟、遺精等；在肝，則為肝之陰血不足，多見眩暈、肢體麻木等。由於母病傳子，生氣不絕，一般病情較輕。②子病犯母（又稱子盜母氣），指疾病的傳變由子臟傳及母臟。如心肝火旺，由心火亢盛引動肝火亢盛。心火盛則出現心煩或狂躁譫語，口舌生瘡；肝火偏旺出現易怒、頭痛眩暈、面紅目赤等。由於子病傳母為逆，病勢較重。
相克關系的傳變包括相乘和相侮兩個方面：①相乘，指相克太過為病。如木旺乘土，由於肝氣橫逆、疏泄太過，影響脾，導致消化機能紊亂。肝氣橫逆則出現眩暈頭痛，煩躁易怒，胸悶脅痛等；脾胃被克則出現脘腹脹痛，噯氣吐酸，納呆，吐瀉等。病邪從相克方面傳來，侵犯被克臟器，因臟氣本已相制，一般病情較重。②相侮，指反克為害。如木火刑金（木侮金），由於肝火偏旺，影響肺金清肅，出現胸脅疼痛、口苦、煩躁易怒、脈弦數等肝火過旺之證；又有咳嗽咯痰，甚或痰中帶血等肺失清肅之候。病邪從被克臟器傳來，生理上臟氣受制於我，則邪氣不能深入，其病較輕。疾病按相克規律傳變，為順傳，其病較輕淺；按乘侮規律傳變，為逆傳，其病較深重。
五行學說所以能用於診斷，是由於人體為一個有機整體，有諸內，必形諸外。當內臟有病時，人體內臟功能活動及其相互關系的異常變化可以反映到體表相應的組織器官，出現色澤、聲音、形態、脈象等方面的異常變化。由於五臟與五色、五聲、五味等都以五行分類歸屬，因此在臨床診斷疾病時可以綜合望、聞、問、切四診所得材料，根據五行所屬及其生克乘侮的變化來推斷病情。例如，可以用五臟所主的色、味、脈來診斷本臟的病變或他臟的傳變。以面見青色，脅痛吞酸，脈弦為診斷肝病的依據；脾虛病人面部發青為木來乘土等。也可以用脈與色之間的生克關系來判斷疾病的預後：如肝病色青見弦脈為色脈相符。若不得弦脈反見浮脈則屬相勝之脈，即克色之脈（水生木），為順。
五行學說在治療上的應用十分廣泛，適用於藥物治療、針灸及精神療法等各個方面。具體用法：首先是運用子母相及和乘侮規律判斷疾病的發展趨勢以控制疾病的傳變。由於五臟之間互相關聯，此臟受病可波及他臟，他臟有病也可波及此臟。例如肝臟有病可影響心肺脾腎，心肺脾腎有病也可影響肝臟。治療時除對肝臟進行調理外，還應根據生克乘侮規律調整其他臟腑的太過或不及，控制其傳變，使機體歸於平復。例如肝氣太過，木旺則能克土，此時一方面應疏泄肝氣，另一方面應考慮健其脾胃，以防傳變。脾胃不傷，則病不能傳，易於痊愈。其次是確定治療原則。根據相生規律治療疾病，其基本原則是“虛則補其母，實則瀉其子”。所謂補母，主要用於母子關系的虛證。如腎陰不足以滋養肝木而致水不涵木，治療時不唯治肝，且兼補腎陰之虛。所謂瀉子，主要用於母子關系的實證。如心肝火盛，木火同旺，采用瀉心火的辦法以助瀉肝火。此外，單純子病久不復元時，也可通過補其母以加倍相生的力量。根據相克規律治療疾病，其原則是“抑強扶弱”，側重在制其強盛，使弱者易於恢復。如木土不和，因木旺者，宜抑肝、平肝；因土侮者，宜運脾、健脾；因木虛者，宜和肝、溫肝；因土虛者，宜補脾、益脾。臨床上常見的應用五行生克規律制訂的治療原則有滋水涵木，益火補土，培土生金，金水相生，抑木扶土，培土制水，佐金平木等。在針灸方面，臨床上是將手足十二經脈中四肢末端的井、滎、輸、經、合5種穴位分屬木、火、土、金、水五行，根據病情及五行生克規律選穴治療。如木土不和，可以瀉肝經的井穴大敦（木穴），補脾經的輸穴太白（土穴）等。精神療法則是根據五志配屬五臟的原理，利用情志的相互制約以達到治療目的。
陰陽學說與五行學說雖各有特點，但它們是互相補充、彼此印證的。五行概念不僅僅是指五類事物及其屬性，更重要的是它包含瞭五類事物內部陰陽兩氣的運行變化。因此，張景嶽在《類經圖翼》中說：“五行即陰陽之質，陰陽即五行之氣。氣非質不立，質非氣不行。行也者，所以行陰陽之氣也”。在實際運用中，論陰陽往往聯系五行，言五行則必及陰陽。如五臟分屬五行，而臟腑又分陰陽，五臟各自也有陰陽。因此，在研究人體生理活動和病理變化時，必須把五行學說和陰陽學說結合起來，才有利於正確認識人體的各種生命活動。