又稱結構異構。指同分異構體的分子式相同而分子中原子或基團排列順序不同的現象。構造異構又可分為以下三類。
鏈異構 異構體的分子式相同而碳骨架不同的現象，例如在鏈烴中，碳架可以是直鏈的，也可以是支鏈的：
又如在環烴中，環的骨架也可以不同：
從四個碳起就可產生異構體，碳原子愈多，異構體愈多。
位置異構 異構體的分子式相同而分子中官能團或取代基在碳鏈或環上的位置不同的現象。位置異構又可分為官能團位置異構和取代基位置異構兩種。官能團位置異構是因官能團取代不同類型的氫而引起的，例如：
取代基位置異構是取代基取代不對稱環上不同類型的氫而引起的，例如：
如有一個以上官能團或取代基時，位置異構體更多。
官能團異構 異構體的分子式相同而分子中的官能團不同的現象，例如炔、雙烯和環烯，醛、酮和環醚，羧酸和羧酸酯等：
官能團愈多，產生的官能團異構體也愈多。
參考書目
陸乾生、宋永安編：《有機化合物的異構現象》，人民教育出版社，北京，1980。