引起非金屬物黴腐變質、性能降低甚至完全損壞的微生物。主要是腐生型和兼性腐生型微生物，也有一些化能自養微生物。黴腐微生物的類型取決於物質的化學成分、含水量和環境濕度，如水域和土壤中以細菌、酵母菌和放線菌為主；地表和大氣環境中則以放線菌、絲狀真菌為主。在好氣條件下，多數黴腐微生物大量生長，因而破壞性較大。黴腐微生物通過各種酶系分解各種物資中的非金屬部分，如梭狀芽孢細菌、棒槌芽孢桿菌、放線菌、木黴、多孔菌等產生的纖維素酶能破壞棉、麻、竹、木；葡萄球菌、枯草桿菌、、放線菌、土曲黴、黃曲黴等的蛋白酶能分解絲、毛、皮革；放線菌、曲黴、青黴、交鏈孢黴和芽枝黴等的氧化酶和水解酶相繼作用可降低合成材料的質量；黑曲黴、焦曲黴、橘青黴等可使塗料、塑料、橡膠、粘接劑等老化。黴腐微生物在礦油（燃料油、潤滑油脂、液壓油、切削乳液等）中生長後，不僅其大量菌體能阻塞機件，而且菌體的代謝產物也能導致或加速金屬的腐蝕。雜色曲黴、灰綠曲黴等代謝活動的產物可侵蝕玻璃，嚴重降低光學儀器的性能；醫藥品、食品滋長細菌和黴菌可導致腐爛變質；生長較普遍的黃曲黴、雜色曲黴、冰島青黴、桔青黴等所產生的真菌毒素直接危害人類健康；化妝品等被假絲酵母、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌等污染後，可引起皮膚病；染菌的被褥、服裝成為黴菌污染源，特別是煙曲黴能導致肺氣腫等疾病；鏈黴菌、青黴等侵入人體循環系統後，能造成血管阻塞；菌落（如黴斑等）污損建築物，也是環境污染源。此外，黴腐微生物還可損害圖書、文物、檔案材料、磁帶信息資料、生物標本和藝術品等。
控制黴腐微生物危害，可按各種物資或器材的存在形式、組成特點、加工工藝以及使用方式等區別對待。改善物體的結構，使之盡可能減少易發生黴腐的部分；曝露部分使用耐微生物損害的物質加以保護；在現有的材料中添加殺菌劑以提高抗黴腐微生物的能力；選擇適宜的物理能（如各種高能輻射）破壞或殺死黴腐微生物的細胞；經常保持清潔、幹燥或低溫和缺氧來抑制黴腐微生物的生長等。