鞭毛菌亞門的1綱。本綱真菌具後生單鞭毛遊動孢子或能動配子，繁殖時需要凝結水。多數生在水中，少數生在潮濕土壤的木膜中，有的寄生在藻類或其他陸生植物上。有性生殖多樣，典型的產生休眠孢子囊。根據菌體的結構、菌體與基物的關係、菌體的發育方式、遊動孢子的油滴以及有性生殖的方式，本綱下分壺菌目、肋壺菌目、芽枝菌目和單毛菌目4目，共14科100屬、約400種。本綱直接經濟意義不大。腫囊壺菌等寄生並毀損藻類，而這些藻類是水生動物食物鏈的一環。油壺菌屬、集壺菌屬和節壺菌屬可可使經濟植物患病。異水黴屬和小芽枝黴屬曾被E.C.坎蒂諾(1959)等人用作研究真菌形態建成的材料。多形單毛菌的不動雌配子與能動雄配子的配合方式，在真菌中獨具特色。長雌異水黴有孢子體和配子體交替的現象。雕蝕菌屬的許多種均能侵染蚊類幼蟲，可望用於蚊蟲的生物防治。