尿道粘膜有許多陷窩和腺體容易隱藏細菌，因尿道與外界相通，容易由外來致病因素罹患感染。男性尿道自膀胱至尿道外口呈S形，尤其是膜、球部位於恥骨弓下方，周圍為堅韌之尿生殖隔，常因骨盆骨折、暴力外傷等而致尿道損傷。與其他器官一樣，由於胚胎發育上的變異，可發生先天性疾病，尿道是泌尿生殖系統畸形最多見的部位。尿道亦可發生良、惡性腫瘤，但較少見。
畸形 尿道是泌尿生殖系統先天性疾病最多見的部位位，其中以尿道下裂最多，主要見於男性，發病率約0.3～0.4％，極少數發生於女性。尿道下裂根據尿道外口的位置分型，常合並有陰囊或陰莖畸形，如陰莖彎曲，陰囊陰莖轉位。輕者不影響排尿及性交功能，重者均需手術矯治，矯治方法甚多，主要解除陰莖彎曲，重建尿道，可分次或一次手術。其他有尿道上裂，陰莖彎曲，重復尿道，尿道憩室，先天性尿道瓣膜，先天性精阜肥大，先天性尿道瘺，先天性巨大尿道癥等，以上應根據診斷予以相應處理。
尿道炎 尿道炎按臨床經過分為急、慢性，按其致病原的不同有一般細菌（如大腸桿菌、綠膿桿菌、鏈球菌等）感染，也可有淋球菌、結核桿菌、病毒、衣原體、支原體、黴菌、原蟲等感染。造成炎癥的原因可由創傷性（包括醫原性），化學性，微生物，亦有原因不明者如賴特爾氏病。女性多見非特異性尿道炎，男性多見淋病性尿道炎、結核性尿道炎、原（滴）蟲性尿道炎、衣原體、病毒性尿道炎。尿道炎的臨床表現是尿頻、尿急、尿痛、尿不凈、排尿不暢、排尿困難等。慢性者有尿道分泌物或有尿道狹窄的表現，病程後期常合並有尿道周圍炎，尿道周圍膿腫，尿道狹窄所致排尿困難，或合並有男性生殖系統感染。對尿道炎的診斷應努力確定病原菌，同時應從病史中尋找線索。治療應根據病原菌性質采用全身抗生素，化學藥物治療，並針對局部情況作必要的尿道擴張、電灼等治療。
淋病 由淋球菌所致的尿道與生殖道粘膜的炎癥，主要由不潔性交傳播，是性病的一種。見於青年男女。男性患者的臨床表現為排尿困難、尿頻、尿急、尿道分泌物增加，初為粘液樣以後即轉為淡黃色膿狀，量多，可累及附睪。女性表現為排尿困難、尿頻、尿急、宮頸炎有粘液膿性分泌物。診斷依據有不潔性交史及分泌物塗片找淋球菌。可應用青黴素類藥物治療，關鍵是應杜絕不潔性交。
尿道綜合征 主要在女性，有反復發作尿頻、尿急、尿痛、膀胱裡急後重、排尿困難等癥狀，此種癥狀可突然發生，不經治療亦可消失。化驗檢查尿常規無異常發現，而尿細菌學檢查培養亦為陰性。若反復發作應詳細檢查，有無炎癥刺激如尿道旁腺炎、前庭炎、陰道炎等，也要註意有無梗阻、性激素失調或不穩定膀胱等。治療可對癥或病因治療。
尿道損傷 由暴力或化學物、物理因素等致使尿道不同部位的損傷，男性多見。主要為尿道器械檢查、治療時的損傷，騎跨傷，骨盆骨折時的尿道損傷。尿道損傷按部位分為前後尿道損傷；按程度分為挫傷、撕裂傷、破裂、斷裂傷。由於男性尿道的解剖位置，其前、後尿道的損傷和尿外滲范圍有不同。臨床表現根據致傷原因、損傷部位、程度以及是否合並其他器官損傷的情況而定。一般有疼痛、尿道滴血、溢血、血尿、血腫、排尿困難、尿外滲，嚴重者可出現休克，確定尿道損傷的部位、程度以及有無其他器官損傷極為重要。可經體檢、直腸指檢、導尿、尿道造影、X射線檢查等確診。輕的尿道損傷可試插導尿管並保留之；破裂、斷裂的尿道在條件許可時可行尿道修復術；若病重則可先作膀胱造瘺待病情好轉後再行尿道修補術；有尿外滲應作充分引流；有合並損傷的器官應作相應治療。
尿道狹窄 可有先天性、炎癥性、創傷性。後兩者臨床多見，一般炎癥性尿道狹窄病變范圍較廣，創傷性尿道狹窄范圍相對較窄，在處理上不同。臨床表現為排尿困難，同時有病因方面的征象。炎癥性尿道狹窄針對原發癥應用全身治療外，可定期作尿道擴張，經尿道電切，若療效不佳可行會陰造瘺術或尿流改道。由包皮陰莖頭炎所致外尿道口狹窄其范圍常較限局，外尿道口切開的效果甚佳。創傷性尿道狹窄以後尿道狹窄的處理較為困難，可采用電切，手術修復。手術修復方法甚多可選擇采用。應註意有無“假道”、尿瘺、錯位對合等，以防術後失敗。術後常有再狹窄、陽萎等並發癥。
尿道瘺 由於病變或外傷所致尿道與皮膚或臨近臟器相通，如尿道陰道瘺、尿道直腸瘺，也可以是先天性。一般表現為在排尿的同時有多處出尿，或表現為“尿失禁”。處理應手術修補。
尿道腫瘤 較為少見，女性多於男性。腫瘤可為良性如肉阜、息肉、血管瘤、平滑肌瘤、乳頭狀瘤等。臨床表現為在尿道口有分泌物，或引起排尿不暢、出血、初血尿、腫物。治療可用電灼或手術切除。惡性為鱗狀細胞癌多見，其次為移行細胞癌，黑色素瘤等少見。癌瘤易侵犯尿道海綿體穿破尿道而成尿瘺。癌細胞可經淋巴管轉移到腹股溝、髂血管旁淋巴結；亦可經血行到肝、肺、腦、骨等處。表現有尿道血性分泌物、血尿、尿道痛、感染、排尿困難等。體檢可觸及腫物或腹股溝有腫物。可經細胞學檢查、尿道鏡、尿道造影、活組織檢查等確定病變性質、范圍，以制定手術方案。手術應切除原發病灶及膀胱頸部，腹股溝淋巴結應作活檢，若為陽性應作髂、腹股溝淋巴結清除術。若為鱗狀細胞癌可加行放射治療及化學藥物治療。一般預後不良。