設在艦艇上的指揮所。一般開設在指揮、觀察和通信設備完善，機動性能良好，防禦能力和生命力較強的艦艇上。開設海上指揮所的艦，通常稱為“指揮艦”。其主要任務是:組織計畫海上戰役、戰鬥；掌握和通報海上情況的發展變化；指揮和協調參戰兵力的戰鬥行動；保持與上下級和友鄰之間的通信聯絡；確定各兵力的爾後行動計畫等。在第二次世界大戰以前，海上指揮員位於旗艦上實施指揮，沒有專門設施的海上指揮所。在第二次世界大戰期間，有的國傢的海軍開始有瞭指揮艦。1942年，英國海軍首先把一艘艘商船改成指揮艦。隨後美國海軍把“阿加斯托”號巡洋艦加裝瞭無線電艙室和人員住艙，兼作指揮艦。現代的指揮艦，裝備有自動化作戰指揮系統。海上指揮所人員分在各個部位分管作戰、情報、航海、通信、電子對抗、機要和兵種聯絡等工作。在遂行戰役、戰鬥指揮時，開設指揮所的艦艇通常配置在便於掌握情況，有利於穩定指揮的位置。