海軍各級指揮員及其司令部對所屬兵力在海面、海空和水下戰鬥全過程的指揮。其主要內容包括戰鬥的組織準備，指揮兵力出航（或起飛）、航渡、展開、攻擊和反攻擊，直至戰鬥結束撤收兵力。
早期的海戰，指揮員在旗艦上憑目力觀察陣勢，以金鼓、旗號指揮戰鬥。隨著海軍兵力、兵器和海戰的發展，指揮日益複雜，逐步產生瞭相應的指揮機構。潛艇、航空兵的出現，無線電通信的應用，使海戰突破瞭以往的空間範圍，指揮職能由單一的指揮水面艦船，發展為對海面、海空空和水下兵力的全面指揮，部分指揮工作移至岸上進行。第二次世界大戰後，又出現瞭海洋監視衛星系統和自動化作戰指揮系統（見艦艇作戰指揮自動化系統）。
現代海戰，參戰兵種多，普遍使用電子技術裝備和精確制導武器。艦艇、飛機在海面、海空和水下的廣闊領域高速機動，敵對雙方都力爭先機制敵，並力圖癱瘓對方的指揮。情況變化急劇，戰鬥時間短促，組織指揮復雜和要求快速反應的矛盾突出。指揮員在組織指揮戰鬥時，要周密地組織計劃，制定幾種戰鬥方案；使用各種偵察手段，準確地掌握海面、海空和水下情況，及時獲得預警；正確選定突擊對象和有利的突擊海域、突擊時機；正確運用突擊兵力、兵器；周密組織協同和各種保障；適時下達預先號令，保證艦艇、飛機完成出航、起飛準備；采取隱蔽指揮手段，實施快速、簡明、準確的指揮；積極開展電子對抗和水聲對抗，確保指揮系統的有效工作；減少指揮層次，高度集中指揮和分散指揮、積極機斷行事相結合，力爭先敵發現，先敵展開，先敵占領有利陣位，先敵使用武器。
指揮的組織形式，通常在岸上和海上建立指揮所和預備指揮所。有的國傢還建立海軍空中指揮所。有關海戰的時間、海域和使用兵力等重大問題，一般由岸上指揮所作出決定。對海上兵力的直接指揮，在遠海、遠洋戰鬥時，通常由海上指揮所統一指揮；在近岸海域戰鬥時，可由海上指揮所統一指揮，也可用岸上指揮和海上指揮相結合的方法實施指揮。潛艇的戰鬥，通常由岸上指揮所實施指揮。海軍航空兵的戰鬥，由指揮所航空兵部位或通過航空兵指揮所實施指揮。