秘魯和厄瓜多爾爭奪馬拉尼翁河、納波河和科迪勒拉山脈之間三角地帶領土的戰爭。在西班牙殖民統治時期，厄瓜多爾原屬秘魯總督轄區，後又劃歸新格拉納達總督轄區。秘厄兩國獨立以後，邊界一直沒有正式劃定，雙方不斷發生邊界爭端。第二次世界大戰爆發前，在亞馬遜河上遊發現瞭石油，秘厄衝突進一步加劇。1941年7月5日，在美國壟斷資本組織的慫恿下，秘魯出兵佔領瞭厄瓜多爾西部埃爾奧羅省。秘厄戰爭由此開始。7月13日，秘魯軍隊大舉進攻，厄瓜多爾軍隊武器簡陋，兵力分散，在對方優勢兵力力進攻下，節節敗退。在薩魯米利亞戰役中，秘魯軍隊大獲全勝，不僅占領瞭兩國有爭議的領土，還占領瞭相當一部分厄瓜多爾領土。後經美國、巴西和阿根廷三國調解，秘魯軍隊於7月31日停止進攻。1942年1月29日，在裡約熱內盧泛美外交會議上，秘魯和厄瓜多爾簽訂瞭《和平、友好和邊界議定書》。根據議定書，厄瓜多爾喪失瞭西部埃爾奧羅省的一部分和東部亞馬孫河流域大部分領土，共計174565平方公裡，並被剝奪瞭共管亞馬孫河的權利。厄瓜多爾割讓的這些土地，後來大都被秘魯租借給美國石油壟斷組織。
1941年的秘厄戰爭和1942年的裡約熱內盧議定書遺留下的邊界問題，經常影響到兩國關系的穩定。厄瓜多爾曾多次表示1942年裡約熱內盧議定書無效。秘魯則反對修改。兩國於1952年和1960年兩次斷交。1981年1～2月，兩國在亞馬孫森林孔多爾山脈地區再次發生武裝沖突。同年3月，在美國、阿根廷、巴西和智利四國的斡旋下，兩國達成和平協議，並從沖突地區撤軍。但兩國在邊界劃分上仍各執己見。此後零星沖突時有發生。