1862至1873年（清同治元年至十二年）陝西、甘肅回民聯合當地各族掀起的反清起義。
太平天國起義、撚軍起義和西南回苗彝各族起義(見雲南回民起義、苗民起義)，使清政府的統治陷入崩潰邊緣，陝甘地區的厘金、捐輸愈益加重，軍政吏治極端腐朽，官府歧視、侮辱回民，回民中早已孕育著強烈的不滿。1862年春，太平軍、撚軍聯合入陝，正值華州（今華縣）、渭南等處團練武裝因回漢糾紛而到處焚掠回民村莊，為瞭民族生存，渭河兩岸回民奮起自衛，同州州（今大荔）、西安、鳳翔三府回民紛起響應，很快形成瞭以赫明堂、馬生彥、馬振和、白彥虎等人為首領的十八大營，與清軍及團練武裝拼死搏鬥，給敵以重創。1864年，清將多隆阿以先撫後剿的欺騙手法擊破渭河兩岸堅固的回民堡寨，陜西回民軍被迫攜帶妻小退往陜甘邊境堅持自衛抗清。
起義之初，陜西回民軍與太平軍、捻軍有過直接聯系。1866年秋，西捻軍張宗禹部入陜，陜西回民聯同甘肅回民武裝及清軍潰勇乘勢東下，造成“捻回合勢”的西北反清高潮。太平天國失敗後，左宗棠率湘軍入陜，采取先捻後回、先陜後甘的各個擊破戰略。西捻軍在華北平原遭鎮壓，陜西回民武裝再度退往甘肅。
陜西回民自衛抗清的怒潮迅速波及甘肅各地，形成金積堡、河州（今臨夏）等回民抗清中心。
1862年秋，寧夏平遠所（今屬同心）回民馬兆元為反抗官府勒索發動起義，漢民也主動參加。不久馬兆元被回族上層誘殺，寧夏回民軍攻占寧夏府城（今銀川市）和靈州城（今靈武），世居金積堡的伊斯蘭教新教大阿訇馬化龍被推舉為抗清首領。1866年春，金積堡回民聯同陜西回民粉碎瞭清軍雷正綰、曹克忠部的進攻。年底，馬化龍、馬萬選等回民領袖接受清朝寧夏將軍穆圖善的招撫，而清軍卻對繳械獻城後的寧夏府城居民不分回漢大肆屠洗焚掠。1869年秋，清軍劉松山等部奉左宗棠之命，憑借優勢兵力和洋槍洋炮，以追剿陜回為名進逼金積堡。金積四百多堡寨回民逐堡逐寨地殊死搏鬥，給清軍以重創。由於糧援俱絕，馬化龍親赴清營投降。馬化龍父子、親屬及起義者一千八百餘人被殺。
1871年秋，左宗棠進駐安定（今定西），湘軍數十營進逼河州，以馬占鰲阿訇為首領的回民軍沉著應戰。在河州外圍太子寺一帶搶築堅墻厚壘，配備數百名回族和東鄉族、撒拉族的優秀射手輪番狙擊，清軍傷亡慘重，潰不成軍，丟棄大量器械物資。馬占鰲鑒於敵我力量懸殊，前途未卜，乃力排眾議，乘勝求撫，換得左宗棠的信任。馬占鰲、馬悟真、馬海晏等被編入清軍馬隊。
1872年秋，以馬桂源、馬本源兄弟為首的青海回族、撒拉族武裝與白彥虎、崔偉等陜西回民等在西寧以東大峽小峽一帶並肩抗擊清軍的進攻。由於清軍進攻循化，西寧回族士紳動搖求和，使起義軍腹背受敵，白彥虎北退大通又轉向河西，馬桂源兄弟退往循化，失敗被殺。
回族獵戶馬文祿從1865年起領導肅州（今酒泉）回民堅持自衛抗清，牽制瞭河西的清軍。1873年春，白彥虎由青海退到河西，曾與馬文祿協同拒守，由於清軍的追擊，白彥虎被迫出關，馬文祿堅持到九月，援盡糧絕，被迫出降。左宗棠縱兵屠城，結束瞭甘肅地區最後一役。白彥虎退至新疆，曾與阿古柏建立聯系，後在清軍的追擊下於1877年逃入俄國。