南京國民政府劃分國傢領土為不同區域，並建立相應的行政組織的制度。其行政區劃，包括二十八省、六直轄市、兩個特別行政區和蒙古、西藏兩地方。
1928年春，中國國民黨中央政治會議議決廢除北洋政府時期地方政制中的道級，改南京國民政府的行政區劃為省、縣二級。其省級為：①二十八省（不包括日占臺灣省），即江蘇省、浙江省、安徽省、江西省、湖北省、湖南省、四川省、西康省、山東省、山西省、河南省、河北省、陝西省、福建省、廣東省、廣西省、雲南南省、貴州省、甘肅省、青海省、寧夏省、新疆省、綏遠省、察哈爾省、熱河省、遼寧省、吉林省、黑龍江省。1945年8 月31日新設安東、遼北、松江、合江、興安、嫩江六省，10月25日臺灣收復，增至三十五省。②六行政院直轄市，即南京市、上海市、北平（今北京）市、天津市、青島市、西京（今西安）市。1939年5月以後，又先後置重慶、哈爾濱、大連、沈陽、漢口、廣州六市為行政院直轄市，增至十二市。③二特別行政區，即東省特別行政區、威海衛行政區。④二地方，即蒙古和西藏。省分為縣、市（省轄）、設治局，為初級行政組織。1941年8月，全國共有一千九百五十五縣、十七省轄市、五十八設治局。市分為區、坊、閭、鄰四級。1943年5月後改閭鄰制為保甲制，改分為區、保、甲三級。蒙古分為盟、特別旗，直屬於行政院，盟下分旗。西藏沿北洋政府時期舊制分宗，相當於內地的縣。