美國在中國創辦的教會高等學校之一。由北通州協和大學、北京匯文大學、華北女子協和大學合組而成。校址在北京西郊海澱。協和、匯文兩校於1919年合併，女子協和大學則於1920年加入。最初實行男女分校，1925年遷入西郊新校舍時，始行合併，仍保留女部名稱，經費和管理方面各自保持獨立。第一任校長為美國外交官司徒雷登。
燕京大學初成立時設文理科，未分設學系。學制初為本科三年，預科二年。後改為本科四年，預科一年。初設文、自然科學、應用用社會科學三學院，後改為文（分設中文、外語、歷史、哲學、心理、教育、新聞、音樂8學系）、理（分設化學、生物、物理、數學、傢事5學系）、法（分設政治、經濟、社會3學系）三學院。1934年增設研究院，下設文、理、法三個研究所。另設宗教學院及附屬學校。抗日戰爭結束後，在華北工商界支持下，還組織瞭“工科教育合作委員會”，從事發展該校工科教育。
該校經費原由各基督教團體協助，並有駐美托事部為籌劃及管理該校財政的機關；美國普林斯頓大學駐華委員會、羅氏基金會等也給予一定補助。從而加深瞭美國壟斷資本和教會對該校的控制。20年代收回教育權運動後，由吳雷川任校長(Chancellor)，繼為陸志韋，司徒雷登改任校務長 (President)，握有實權。孔祥熙曾擔任該校董事會主席。
該校校舍設備等物質條件比較優越。著名學者如:陸志韋、郭紹虞、鄭振鐸、許地山、顧頡剛，外籍的進步學者、作傢夏仁德、E.P.斯諾等曾在該校任教。哈佛燕京學社在整理古籍、研究東方文化等方面也做出瞭一定成績。中華人民共和國成立後，1951年1月，中央人民政府教育部頒佈《關於處理接受美國津貼的教會及其他教育機關的指示》，於2月間接管燕京大學。全國高等學校院系調整時合並於北京大學。