土壤中某些真菌與植物根的共生體。凡能引起植物形成菌根的真菌稱為菌根真菌，大部分屬擔子菌亞門，小部分屬子囊菌亞門。菌根真菌的寄主有木本和草本植物約2000種。菌根真菌與植物之間建立相互有利、互為條件的生理整體，並各有形態特徵（見圖），這是真核生物之間實現共生關係的典型代表。蘭科植物的種子萌發，若沒有菌根真菌共生，則不能成苗；杜鵑科植物若沒有菌根真菌的共生，則植物發育不良。
依據菌根的形態和結構特徵，可將其分為外生菌根和內生生菌根兩類：外生菌根菌絲體在根的外表形成菌套，部分菌絲侵入根皮層細胞間，形成致密的網狀結構，稱為哈替氏網，包在皮層細胞外，通常不侵入皮層細胞內部。這種菌根在森林木本植物中特別普遍，如橡樹、松樹等；草本植物也有外生菌根（如蕎麥等）。中國從松樹、柞樹菌根分離得到外生菌根真菌純培養如牛肝菌屬、乳菇屬和滑菇屬等的一些種，曾回接歐洲赤松獲得成功。內生菌根菌絲體侵入根的皮層細胞內，並形成囊狀樹枝形結構，有這種結構的菌根稱為囊狀-叢枝菌根。它主要是由無隔菌絲的真菌引起，在許多被子植物、裸子植物和苔蘚植物中極為普遍。涉及的菌根真菌有內囊黴屬、Glomus、Acaulospora、實果內囊黴屬、Gigaspora等屬，這類菌根真菌在農業上有很重要的經濟意義。除無隔菌絲形成的內生菌根外，還由有隔菌絲的真菌如層孔菌屬，絲核菌屬等引起。蘭科等植物形成內生菌根。內生菌根與外生菌根的不同在於內生菌根的菌絲體侵入細胞內部，經受一個胞內發育階段，爾後被寄主細胞消化，這種菌絲被消化和其新菌絲的侵入之間處於一個平衡狀態；而且在寄主細胞間不形成致密的哈替氏網狀結構。
除內生菌根和外生菌根外，還有一類外－內生菌根，它兼有外生菌根和內生菌根的特性，常見於木本植物，如由雜色牛肝菌與松樹等形成的菌根就是典型的代表。
菌根的作用主要是擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收范圍外的元素（特別是磷）的吸收能力。菌根真菌菌絲體既向根周土壤擴展，又與寄主植物組織相通，一方面從寄主植物中吸收糖類等有機物質做為自己的營養，另一方面又從土壤中吸收養分、水分，源源不斷地供給植物。外生菌根具有合成生物活性物質的能力（如合成維生素、赤黴素、細胞分裂素、植物生長激素、酶類以及抗生素等），不僅能促進植物良好的生長，而且能提高植物的抗病能力。某些外生菌根真菌的生活史中所形成的子實體，能為人類提供食用和藥用的菌類資源（如乳菇屬、紅菇屬）。