化學傢根據自己的經驗,採用分子圖描繪分子中的成鍵作用。分子圖中的點(字母)表徵原子,邊(鍵)代表原子間的成鍵作用。這種直觀圖像在現代量子化學形式體系中得到瞭某些保留。對於簡單的休克爾分子軌道法,主要的表述形式可建立在分子圖的基礎上,稱作分子軌道圖形理論。

  在休克爾分子軌道法中,本征多項式佔據重要地位,它是久期方程的冪展開式,多項式的根及對應本征向量,就是共軛分子能級和軌道。本征多項式是一種圖不變數,不因圖中點的標號不同而而變,僅由分子圖本身確定。推算本征多項式的圖的規則有多種,其中有效的一種是基於分子增大時的遞推關系式。設所討論的是直鏈多烯烴,碳原子數為n,分子圖對應直鏈碳骨架,即:

本征多項式gn(x)滿足以下遞推關系式:

   (1)

式中x是歸一化的能級參數,它與能級E、庫侖積分α以及共振積分β的關系式:

   (2)

利用式(1),可由小分子本征多項式推出大分子本征多項式,例如應當知道:

g1(x)=xg2(x)=x21

則有(已知 g 0=1):

g3(x)=g1(x)g2(x)-g1(x)=x32x

式(1)的更深刻含義是:左端代表分子整體,右端的第一項代表一個鍵被斷裂,第二項代表斷裂鍵被抽去。更普遍的遞推關系由以下定理表述:一個共軛分子,圖形為G,斷裂一條邊,生成圖形G′,去掉經過斷裂邊的所有閉途徑(指從一點出發,經過不重復的點回到出發點的途徑),生成圖形G1G2、…,它們的本征多項式P(x)滿足:

  (3)

式(1)是式(3)的特例,後者中諸圖形不限於直鏈圖。它們直觀地描繪分子整體及其局部鏈段之間的一種特殊的內在關系。

  不僅本征多項式,其他圖不變量也存在類似的圖形關系。目前討論得比較清楚,並已獲得嚴格的或近似嚴格結果的有:分子軌道系數、鄰接矩陣行列式aN凱庫勒構式數、最高占據和最低空軌道能級、總能量等。利用這些結果,可對共軛分子有關性質作出解釋或預測,包括協同反應對稱守恒原理、芳香性、反應活性及同系線性規律等。