先天性代謝缺陷導致的神經系統疾病。目前已經明確或基本明確的全身性遺傳代謝病約有180多種，其中大約有2/3左右可出現神經系統的異常，特別是精神發育遲滯和驚厥等。隨著生物化學技術的不斷進展，1970年代以來幾乎每年都發現幾種新的遺傳代謝病，有些過去病因不明的代謝病或變性病，其代謝缺陷或發病機理也逐步闡明。關鍵性酶蛋白的完全或部分缺失，可以導致中間代謝物在細胞內的累積或幹擾正常的生物化學過程。本族疾病多見於新生兒或嬰幼兒。臨床癥狀差異很大，難以全面概括。凡是起起病於嬰幼兒期的發作性意識不清或嘔吐，無原因的驚厥，進行性的共濟失調，上下肢對稱性痙攣、強直或震顫，進行性的中樞神經系雙側變性，進行性視、聽力雙側障礙，智能發育遲鈍而沒有肯定的先天性顱腦發育畸形者，都應懷疑有遺傳代謝病的可能性，特別是傢庭中有相同或相似的病例時更應如此。
分類 按病因臨床癥狀遺傳方式分類。
按病因分類 可分為以下幾大類:①脂質貯積病，包括各種神經節苷脂累積病、葡萄苷脂酰氨鞘醇脂質貯積病（戈謝氏病）、半乳糖病、硫腦苷脂脂質累積病、神經鞘髓磷脂病（尼曼—皮克二氏病），腦腱黃瘤病，植烷酸累積病等。②粘多糖病類。③粘脂病類，已發現有四種類型。粘多糖和糖脂沉積於組織，表現精神發育遲滯、發育障礙等。④糖代謝缺陷病類，包括半乳糖血癥、果糖不耐受癥、糖原貯積病等（見糖代謝紊亂）。⑤氨基酸代謝病類，已知70多種。主要包括酶缺陷型（如苯丙酮酸尿癥）和氨基酸轉運缺陷型（如哈特納普氏病）等類型。其中有10多種類型能表現有嚴重的精神發育遲滯或多種神經系統癥狀。⑥有機酸代謝病類，如丙酸血癥、高乳酸血癥、丙酮酸血癥等。⑦尿酸代謝病類，如萊施—尼漢二氏綜合征。⑧銅代謝缺陷，如肝豆狀核變性、門克斯氏綜合征。⑨其他原因不明的遺傳代謝病。
按臨床表現分類 可分為：①表現為發作性精神錯亂、木僵或昏迷的代謝病，如楓糖尿癥、各種高血氨癥、高乳酸血癥等。②表現為進行性錐體外系癥狀的代謝病，如肝腦變性、萊施—尼漢二氏綜合征等。③表現為進行性小腦型共濟失調的代謝病，如多種脂質貯積病、哈特納普氏病、遺傳性棘狀紅細胞增多-β-脂蛋白缺乏癥（脂肪瀉、共濟失調、肌無力、色素性視網膜炎、失明）、黃瘤病等。④表現為精神發育遲滯的代謝病，如苯丙酮酸尿癥及多種氨基酸代謝病、半乳糖血癥等。⑤表現為進行性癡呆的代謝病，如各種白質營養不良癥、脂質貯積病、粘多糖病。⑥表現為多發性周圍神經病的代謝病，如植烷酸貯積病、丹吉爾病（傢族性高密度脂蛋白缺乏癥）等。
按遺傳規律分類 可以分為常染色體顯性遺傳、常染色體隱性遺傳和X性連鎖遺傳等類型。
診斷 除根據病史（重點是傢族史）和體格檢查外，有關的實驗室檢查是關鍵性的診斷步驟。這包括以下幾方面：
常規性尿篩查 常規的尿檢查有三氯化鐵試驗、2，4-二硝基苯肼(DNPH)試驗（用於各種酮酸尿癥），還原糖試驗（用於半乳糖血癥及其他糖代謝缺陷），硝普鈉試驗（用於含硫氨基酸代謝病），茚三酮試驗（用於多種氨基酸尿癥），溴化十六烷三甲銨或酸性白蛋白混濁試驗（用於粘多糖病）等。常規檢查陽性者可以進一步作定量分析。
常規性血篩查 常用的檢查有空腹血葡萄糖、血氨、乳酸、丙酮酸、血pH、二氧化碳分壓、氧分壓等。必要時還需檢查ALT(SGOT)，ALT(SGPT)，LDH等酶活性。
血、尿的氨基酸分析 從簡單的紙層析到復雜的氨基酸分析測定，以分析體液中各種氨基酸的含量。
微生物抑制試驗 常用格思裡氏試驗測定血中的苯丙氯酸（血中含苯丙氯酸時，β-2-噻吩丙氯酸即不能抑制枯草桿菌的生長）。
細胞學檢查 應用組織化學方法檢查周圍血白細胞或骨髓細胞，有助於探測幾種神經節苷脂和鞘磷脂貯積病。
直接的酶活性測定 取病人的血清、白細胞以及經培養的皮膚成纖維細胞測定預期有缺陷的酶活性。羊水的酶活性測定，有助於某些遺傳代謝病的產前診斷。此外，還可以直接測定病兒的母親及其同胞的酶活性，以探測帶基因的雜合子親屬。
治療 絕大多數的神經系統遺傳代謝病還沒有滿意的療法，僅有少數疾病可以采用以下的方法處理。
限制代謝基質的攝入 如對苯丙酮酸尿癥限制苯丙氨酸，對高血氨癥限制蛋白質，對半乳糖血癥限制乳類食品等。此法若能早期應用，有時能獲得較好的效果。
補充酶缺陷的輔因子 如對同型胱氨酸尿癥使用吡哆醇，對某些類型的楓糖尿癥使用硫胺，對甲基丙二酸血癥使用維生素B12，有時可控制疾病的發展。
使用抗代謝物使中間代謝產物排出 如使用別嘌呤醇治療高尿酸血癥，使用青黴胺治療肝豆狀核變性等。
酶蛋白代替療法 從1960年代起已經在幾種鞘脂貯積病試用，從初步結果看，對降低血中鞘脂和升高酶活性有一定效果，但是還不能改善神經癥狀。
基因療法 還處於探索階段。
預防 對於先天性遺傳代謝病，預防的意義遠遠大於治療個體病人。
開展遺傳咨詢限制病人和帶病態基因者的生育，特別要防止帶基因者的近親婚配，對已生育病兒的父母進行有益的指導和勸告。
檢測出雜合子和可能帶基因的親屬，以減少後代的發病。
產前診斷以防止病兒的出生，目前已有近40種遺傳代謝病可以成功地進行羊水或胎膜的產前診斷，還有近50種已近於成功，即診斷指標已經建立，隻有方法學問題還正在探索中。