指元朝政府組織的將南方糧食由海路的調運。元朝首都大都和北方部分地區的糧食供應主要取自南方，南方的糧食經海道運至直沽（今天津），再經河道運達大都。至元十九年(1282)，元廷採用太傅、丞相伯顏的建議，命羅璧、朱清和張瑄載糧四萬餘石由海道北上。次年，立二萬戶府管理海運。數年後，運數增至五十餘萬石，於是糧食運輸逐步以海運為主，傳統的內河運輸退居次要地位。二十四年，立行泉府司專領海運，並增置二萬戶府。二十八年，行泉府司撤銷後，原四萬戶府削減為二，以朱清、張瑄為首。。三十年，又增立萬戶府一，提調香莎糯米的征收和運輸。大德七年(1303)，朱清、張瑄以“叛逆”罪名被殺，三萬戶府合而為一，稱海道都漕運萬戶府，於平江府（今江蘇蘇州）開司署事。經調整，萬戶府下按地區分設七個千戶所。與海運有關的北方接運系統，於至元二十五年定局，在直沽河西務（今天津市武清縣西北北運河西岸）設都漕運使司，負責接受南來的糧食物資及所屬各倉公務；在大都設立京畿都漕運使司，負責將前司接納的糧食物資運赴大都各倉。
漕糧主要取江南官田歲入。歲運之數，至元、大德年間為百餘萬石，後來增至三百餘萬石。元代歲運的最高額為天歷二年(1329)的三百五十餘萬石。隨著元代政治的衰敝和農民起義的爆發，海運日益衰落，約從至正十二年(1352)起，正常的漕糧征集和運輸告終，元王朝僅僅依靠江浙的張士誠、方國珍和福建的陳友定每年運來的數十萬石糧食，維持供應，直至滅亡。
元代海運主航道示意圖
海上航道前後有三次變更：第一次航道從至元十九年(1282)沿用到二十八年，主要是傍海岸航行，遇沙擱淺，艱難曲折，航期長達兩月餘。二十九年，朱清聘請長興（今屬浙江）人李福開辟新航道，部分取遠洋航行，路線較為徑直，航期半月至月餘。三十年，海運千戶殷明略又開新航路，自劉傢港（今江蘇太倉縣瀏河鎮）開洋至崇明三沙（今上海崇明西北），東行入黑水洋（江蘇北邊以東一帶海面）至成山（今山東榮成縣成山角），然後西北航行入直沽。此路線主要取遠洋航行，順風十日即可駛達。有時糧船也從山東半島或直沽口外分道駛往遼東。此外，福建至浙江、江蘇之間也常有糧船往返。漕糧分春夏二運，至元三十年新航道開辟前，一般是正月集糧，二月起航，四月至直沽，五月回帆運夏糧，八月重返本港。新航道開辟後，起運時間一般為三月。
在航行實踐中，勞動人民在航途上樹立航標，確立港口導航制，編出通俗的口訣，對水文和氣象進行預測預報，為開發中國東部海域的航運作出瞭貢獻。同時，海運的開通和發展，加強瞭南北物資和文化的交流，促進瞭造船技術的提高和外貿事業的發展，沿海城鎮也由此而繁榮，對元代的政治、經濟和文化都產生過積極的作用。另一方面，元朝統治階級也因海運而因循茍且，依賴江南，忽視瞭對北方地區的開發和治理。
參考書目
章巽：《元“海運”航路考》，《地理學報》22卷第1期，1957。