中國氣象學傢。生於廣東陽江。1956年畢業於北京大學物理系。1961年在蘇聯科學院應用地球物理研究所獲數理科學副博士學位，後任職於中國科學院地球物理研究所。1978年任中國科學院大氣物理研究所研究員，1984～1992年任該所所長。1980年當選中國科學院學部委員（院士）。他是第三世界科學院院士、俄羅斯科學院院士、24屆中國氣象學會理事長、中國科學工作者協會副主席。
曾慶存在數值天氣預報、地球流體力學、紅外大氣遙感和計算數學等方面都有貢獻。是20世紀60年代初最早提出可行的大氣運動原始方程組求解方法者之一，首創瞭半隱式差分格式；後又構造瞭完善而又靈活的能量守恒格式。他系統地研究瞭大氣運動的地轉適應過程和演變過程，證明瞭這兩種運動階段的可分性；建立瞭球面上大氣的旋轉適應過程理論和能量彌散過程理論；他用波包概念和方法研究天氣系統，揭示瞭天氣系統演變的基本規律。他在《大氣紅外遙測原理》(1974)一書中，總結瞭紅外遙感理論，提出瞭“最佳信息層”概念和通道選擇的可靠方法；還在《數值天氣預報的數學物理基礎》(1979)一書中，比較系統地闡述瞭氣象問題同數學、物理學和力學的關系。在計算流體力學方面，曾慶存和他指導的研究小組在非線性不穩定問題和構造穩定的計算格式方面，提出一套方便靈活有效的數值求解方法。這些成果已廣泛地應用於數值天氣預報、大氣環流、海洋環流、氣候預測等許多數值模擬問題。曾慶存的主要論著還有：《二層模式的完整流體力學熱力學方程組在短期天氣預報中的應用》(1963)、《大氣中的適應過程和發展過程》(1963)和《三維斜壓大氣中羅斯比波波包的演變》(1983)等百餘篇。