從天然的異質群體中選擇優良個體，進而培育成動植物新品種的育種方法。
選擇育種簡單易行，是應用最早的育種方法。中國的《尚書·序》中即有約西元前3000年周公以唐叔所采作物植株單獨種植獲得“嘉禾”的記載。以後漢代、東魏的古農書中有選擇育種的記述。西元前羅馬人就曾主張對傢畜系譜、外貌和結構進行評價的基礎上選擇育種。1856年法國L.德維爾莫林應用單株改良甜菜，提出分離法則（中選個體優劣的確定，必須通過過種植和考察其後代才能作出評價），特別是丹麥的W.L.約翰森根據1902～1907年進行菜豆試驗提出純系學說，為選擇育種奠定瞭科學理論基礎。
植物選擇育種方式主要有兩種：一是單株選擇（又稱系統選育法）。第一年根據育種目標和選擇標準，從大田生產品種的群體中，選擇若幹優良單株（單穗或單鈴），分別脫粒、保存；第二年將上年當選的單株（單穗或單鈴）分別播種在選種圃，並種植原品種作為對照種，進行鑒定比較，對於少數優異當選株系再選擇部分優良單株供下年播種之用；第三年把上年選擇圃當選的優良品系進行比較試驗（可進行一二年），根據田間觀察、產量比較及室內考種，選出一二個最優良的品系，進行生產試驗或多點試驗，並參加品種區域試驗，以判定該新品系的推廣前途。二是混合選擇。從品種的混合群體中選出性狀一致的優良個體（單株、單穗或單鈴）混合脫粒、混合選擇；第二年與原品種比較，比原品種優異的即可作新品種推廣。這種混合選擇可以隻進行一次，也可以連續進行多次，常用於異花授粉作物的品種改良。單株選擇則常用於自花授粉作物或常異花授粉作物育種。
動物（傢畜）選擇育種方式也有兩種：一是個體選擇。即根據個體表型值進行的選擇。在一定的選擇強度下，遺傳力高的性狀、標準差大的群體，個體選擇效果較為理想。二是傢系選擇。被選擇的性狀以傢系（全同胞或半同胞傢系）為單位分別計算出各自的平均數，根據傢系平均值的高低進行選擇，將平均表型值較高的傢系全部個體留作種用。一些遺傳力低的性狀，宜采用傢系選擇，因傢系平均表型值接近於傢系平均育種值，平均表型值高，意味著具有較高的育種值。