由遺傳物質發生突變，引起異常代謝所致的病變。1908年英國兒科醫生A.E.加羅德研究瞭4種疾病（尿黑酸尿癥、戊糖尿癥、白化病及胱氨酸尿癥）後首先提出。至20世紀70年代後期，逐漸以遺傳性代謝病概括這類疾病。由於編碼蛋白質的結構基因或其調控基因發生突變而造成蛋白質結構或量的異常從而引起的疾病。其中最常見的蛋白質異常為酶的缺陷，造成代謝途徑的阻斷，導致反應底物或中間代謝物貯積及中間代謝物或產物缺乏。疾病的臨床床表現與發生的異常代謝有關。絕大多數為常染色體隱性遺傳，僅有數種為X連鎖遺傳。專傢收集的遺傳性代謝病有469種，每一種病的發生率均很低，綜合這組病的發生率為1/600新生兒。
分類 可分為兩大類：急性代謝病及慢性代謝病（貯積癥）。
急性代謝病 ①新生兒期急性代謝病。表現為嗜睡、昏迷、酸中毒、常規吃奶後黃疸加重。最常見的病因為尿素循環障礙疾病、半乳糖血癥、有機酸血癥。②兒童早期急性代謝病。表現為低血糖、酸中毒，或伴有肝臟疾病。常見的病因為脂肪酸氧化疾病、氨基酸病、有機酸血癥等。急性代謝病的診斷，可通過一系列的初步化驗如血中氨基酸、糖、pH及電解質，尿中有機酸及降解物質，有的病例須查肉堿及酰基肉堿等來推斷。
慢性代謝病（貯積癥） 可通過溶酶體酶的活性測定及器官的組織學檢查區別糖原、脂質及黏多糖等物質的貯積。
治療和預防 有支持和對癥方法。隻有為數有限的幾種代謝障礙能針對不同代謝環節給予治療：①補充缺乏的代謝物。如脂肪酸氧化病給肉堿，先天性腎上腺增生癥給腎上腺皮質激素。②大劑量補充輔酶（常為維生素）可激活部分酶活性，如楓糖尿癥用維生素B1，甲基丙二酸尿癥可用維生素B12。③限制體內累積的代謝物攝入。如苯丙酮尿癥服低苯丙氨酸飲食。④改變代謝旁路。如尿素循環障礙病給苯甲酸鈉可與血氨結合形成可排泄的馬尿酸。⑤酶替代治療。如戈謝病可輸入人工合成的葡糖腦苷脂酶。⑥骨髓或肝移植。⑦基因治療。已用於腺苷脫氨酶缺乏癥。對先天代謝障礙的預防措施，有新生兒篩查、雜合子檢出及產前診斷。