細胞質內有界膜結構的總稱。所有的真核細胞都有一套由內膜包圍的細胞器,細胞內膜不僅使細胞分隔成各種不同的區室,而且大大增加瞭細胞內膜結構的表面積。許多重要的生化反應都是在細胞內膜上進行的,各種細胞器的內膜都有各自的特點,進行著不同的生化反應。因此真核細胞中各種生化反應能在不同細胞器上進行,使不同代謝過程既相互聯繫又互不幹擾,充分發揮各自在生命活動中的特殊作用。

  細胞內主要的細胞器有內質網、高爾基體體、溶酶體、過氧化物酶體、線粒體和內體等。內質網是一種相互連通的、由小管狀和膜囊狀膜結構連成的細胞器,在膜表面有核糖體附著的稱糙面內質網,沒有核糖體附著的稱光面內質網。糙面內質網的主要功能是合成蛋白質,而光面內質網則與合成類固醇激素等功能有關;高爾基體由扁平膜囊堆組成,其功能是對來自內質網的蛋白質和脂類進行加工和修飾,並把加工產物送往細胞的其他部位;溶酶體是細胞的消化裝置,內含各種酸性水解酶,其功能是消化廢舊細胞器和胞吞的各種物質;過氧化物酶體又稱微體,含有多種細胞內氧化反應所需的酶類;線粒體是有兩層膜結構包圍的囊狀結構,其功能是通過氧化磷酸化產生腺苷三磷酸(ATP),供應細胞活動所需的能量;內體是指胞吞物質從細胞表面到溶酶體之間所經過的一系列區室,在胞吞過程中起重要作用並與溶酶體形成有關。細胞質內除瞭上述細胞器外還有許多小泡,它們是細胞內物質運輸的載體,稱運輸小泡

  一般說來,各種類型細胞中同一種細胞器具有共同的形態特征和功能活動,但由於各種細胞功能不同,有關細胞器的形態、所占體積以及具體功能也有所差別。平均說來細胞內所有膜包圍的結構(包括細胞核和細胞器),加起來約占細胞總體積的一半,而胞質溶膠(包括細胞質基質和細胞骨架等)也占細胞總體積的一半。