用於解決複雜系統問題的一套工作步驟、方法、工具和技術。是在系統工程的實踐中逐漸形成的。1957年，美國學者H.H.古德和R.E.麥克霍爾在《系統工程》一書中就對開發系統工程的一系列工作步驟、工具和技術作過系統的描述。60年代，許多學者進一步對系統工程方法論進行探討，其中以美國學者A.D.霍爾在1969年利用結構分析法提出的霍爾三維結構最著名。70年代系統工程的應用對象逐漸從技術系統轉向社會經濟系統。這些系統由於涉及人文社會因素較多，具有復雜多變和不確定性的特點。80年代以英國學者P.切克蘭德提出切克蘭德方法論，以區別於過去以定量的數學模型為核心的方法論（P.切克蘭德將定量模型和方法為主的方法論如系統工程、運籌學和系統分析等稱為硬系統方法論）。90年代初，R.L.福洛德和M.C.傑克遜等又提出系統方法論系統，進而提出系統總幹預（TSI）的超方法論，幫助人們從眾多的方法論中去挑選合適的方法論。90年代初，錢學森等提出針對開放復雜巨系統的綜合集成方法，日本椹木義一提出瞭西諾雅卡方法論等。