聯邦德國馬克斯·普朗克學會設8個化學研究所。
煤炭研究所 前身為威廉皇傢煤炭研究所，1912年建立於魯爾區的米爾海姆。現有職工約250人，其中科學傢近50名；另有客座研究人員和獎學金獲得者約50名。早期的重大研究成果是F.費歇爾於30年代提出的由煤的裂解產物一氧化碳和氫合成烴類的費－托合成法，採用鈷或鐵催化劑(見金屬催化作用)。該法在1934年工業化。1943年K.齊格勒開開辟瞭金屬有機化學的研究領域，建立瞭齊格勒金屬有機催化體系（見齊格勒-納塔催化劑），使以烯烴為原料的塑料工業發生一場革命。此後，該所一直將金屬有機化合物的研究作為主要領域。其突出成就為將高活性的金屬有機催化劑發展成含硼、鋁、鈦、鈷、鎳等過渡金屬的有機均相催化體系，對於高分子合成具有重大意義。該所的其他研究領域有：金屬有機化合物的電化學、有機硼化合物在有機合成中的應用、煤化學和超臨界萃取技術等。
生物化學研究所 新的生物化學研究所於1973年3月建於慕尼黑附近。它是由原生物化學研究所（1912年建於柏林達累姆）、蛋白質和皮革研究所（1918年建於德累斯頓）和細胞化學研究所(1954年建於慕尼黑)3個研究所合並而成。它是該學會的生物科學研究中心。共有11個獨立的研究室和4個研究組。現有職工400多人，其中科學傢90餘名；另有客座研究人員和獎學金獲得者150餘名。該所的主要研究對象是蛋白質和核酸，研究其結構和性能，以及在生物體中的形成過程。
化學研究所 又稱奧托·哈恩研究所。1911年建於柏林，1947年遷至美因茨。以其第一任所長的姓名命名。該所現有3個研究室和一個研究組。共有職工150餘人，其中科學傢約40名；另有客座研究人員和獎學金獲得者40餘名。該所的研究工作主要針對大氣、地球和宇宙化學中的問題（研究對象包括空氣、隕石和月球巖石中的痕量物質），以及原子核間交換作用和核輻射的吸收、控制問題。主要研究方法是對微量物質進行物理化學分析和使用計算機程序計算它們的同位素豐度等。
弗裡茨·哈伯研究所 1911年建於柏林。以其第一任所長的姓名命名。前身為威廉皇傢物理化學與電化學研究所。該所至今還保留著這兩個研究領域。為瞭擴大研究領域，又增加瞭表面物理和電子顯微鏡兩個學科。該所現有5個研究室。職工250餘人，其中科學傢60餘名；另有客座研究人員和獎學金獲得者80餘名。所長由所長委員會成員輪流擔任。
生物物理化學研究所 又稱卡爾·弗裡德裡希·邦赫費爾研究所。1971年建於格丁根。其前身是物理化學研究所和光譜研究所。它是一個綜合性的研究所。該所現有職工360餘人，其中科學傢90餘名；另有客座研究人員和獎學金獲得者150餘名。所長由12名教授（組成所長委員會）輪流擔任。該所一直保持將物理方法應用於生物研究的特色。它的研究工作已遠超出傳統的學科領域。新開辟的領域有：生物化學、神經生物學、神經化學、膜的生物物理學等。其研究工作的中心是生物和化學過程的動態研究，其中包括神經系統和酶系統的研究，對於生命過程具有重要意義。
格麥林無機化學與邊緣學科研究所 原屬德國化學會，1949年改屬馬克斯·普朗克學會。現所址在法蘭克福。該所的主要任務就是編輯出版《格麥林無機化學手冊》，至今已出版470多冊，1982年開始改用英文出版。該所現有職工210餘人，其中科學傢（編輯）70餘名；另聘請外國科學傢（編輯）約140名。
高分子研究所 1983年成立於美因茨。該所計劃到1988年職工約達100人，其中科學傢占1/3。該所的主要研究領域為：高分子化學、高分子物理、高分子近代物理、高分子體系理論等4個方面。主要進行基礎研究，並通過和工業部門共同研究，提出其實際用途。
輻射化學研究所 該所是煤炭研究所的一部分，1958年成立於米爾海姆。現有職工170人，其中科學傢33名；另有客座研究人員約50名。該所的主要研究領域為有機物和無機物的輻射效應，例如生物活性物質的紫外線和γ射線等效應。研究重點是DNA的輻射化學。重要研究成果有：確定瞭許多新的輻射化學和光化學合成反應；通過對受激分子和短壽命中間產物的研究，提出可闡明化學反應的量子理論模型等。（見彩圖）
聯邦德國馬克斯·普朗克學會煤炭研究所