真菌或其產物引起的疾病。廣義的真菌病包括對真菌孢子或產物的過敏、毒蕈或真菌毒素引起的中毒等。狹義的真菌病隻包括真菌侵入人體引起的疾病。真菌原歸屬植物界，現代分類系統則將其單立為一界。下文則以狹義的真菌病為主。真菌與細菌不同，具有真正的核膜，能產生孢子，沒有葉綠素、行有性和無性繁殖，產生分枝的菌絲，細胞壁有甲殼質或纖維素。一小部分的真菌能引起人和動物的疾病。真菌病特別是皮膚癬菌病，如手、足癬，體癬、股癬等十分常見。系統性真菌病比較少見，但死亡率高。如隱球菌腦腦膜炎在使用二性黴素B之前，病死率高達90％以上；使用後也在40％左右。隨著糖尿病、淋巴瘤等發病增多以及各種療法使用的增多，條件致病的真菌病也在日益增多。中國地域廣闊，人口眾多，真菌病發病率較高，深部真菌病的診斷治療手段有待提高，應引起重視。淺部真菌病的傳播途徑主要是直接接觸(如接觸患病的人和動物可以感染頭癬、體癬等)或間接接觸傳播（如穿用公共拖鞋而感染足癬等）。外傷後真菌進入皮下可引起皮下組織真菌病，如孢子絲菌病、著色芽生菌病等。深部真菌病傳播則途徑較多，常見的是由呼吸道進入，如球孢子菌病和組織胞漿菌病等；還有的是從皮膚（如隱球菌病、球孢子菌病等）、胃腸道(如結合菌病等)進入的。淺部真菌病診斷較易，根據臨床表現，刮屑鏡檢找到真菌孢子、菌絲即可確診。深部真菌的診斷還應作真菌培養。真菌病的治療方法有局部用藥、口服抗真菌藥、手術治療等。有些真菌如蘑菇可食用，但誤食毒蘑菇可致中毒（見毒蕈中毒）。誤食含有真菌毒素的食物可致真菌毒素病。放線菌病和諾卡爾氏菌病，表現似真菌病，以前歸屬真菌病范圍，今則歸入細菌性疾病。藻病的病原體似真菌，其表現似真菌病，但病原體屬原核界，目前尚未分出，仍歸在真菌病內。
分類 尚無完善的分類，一般使用的是以菌種分類和按真菌侵入深淺分類。
以菌種分類 如紅色毛癬菌引起者稱紅色毛癬菌病、石膏樣毛癬菌引起石膏樣毛癬菌病、隱球菌引起隱球菌病等等。此分類法的實行尚存在一些障礙，因為鑒別病原體需要實驗室檢查，而且同一個部位的真菌病（例如體癬）可由十幾種或更多的真菌種類引起，因而菌種命名比較困難。
按真菌侵入深淺分類（裡彭采用） 見表。
按真菌侵入深淺分類的真菌病
常見的真菌病 主要有以下幾種。
淺部真菌病 真菌僅侵犯表皮角質層，其原因可能是：①真菌以角蛋白為養料，進行生長繁殖；②血中有非特異性抑制因子，可以隨淋巴流直接到達角質層下面，從而阻止真菌侵入角層下面的組織。雖然真菌限於角質層，但其代謝產物可引起真皮的炎癥反應，在皮膚上表現為紅斑、丘疹、水皰及脫屑等等，並引起明顯癢感。皮疹向周圍擴大，中心消退，表現為圓形或環狀損害，以後中心部分仍可再發生新的皮損。刮屑或拔發後鏡檢找到真菌的菌絲或孢子即可確診。凡是能滲透到角質層的抑制或殺滅真菌的藥物，均有治療作用。如藥物可同時松解剝離角質，使真菌隨之脫落，則效果更好。因為許多真菌侵犯手、足部皮膚時都刺激角質層增厚，藥物不易滲透，故常需將角層剝脫，才能治愈，侵犯毛發者，則外用藥物不滲入，僅用外用藥難以治愈，必須口服灰黃黴素或酮康唑。侵犯指甲，多數藥物也不易滲入，常需拔甲後再用藥物。若有強力滲透的藥物（如4～8％丙酮胺甲塗劑）外用也可不拔甲而治愈。
皮下組織真菌病 常形成肉芽腫和化膿性損害，臨床表現為疣狀或菜花狀增生，間有化膿性病變。少數表現為竇道和瘺管，侵犯骨、肌肉等較深組織，破壞性大。皮損一般不痛不癢，頑固難治，切除不完全者，常常再發。雖然這類疾病沒有危險性，但常限局於一處不易治愈，並且緩慢發展，個別患肢可致殘，應早期診斷，早期治療。診斷困難時，應作病理檢查，並作真菌培養。確診後及早全部切除病變組織，預後較好。大面積損害者，有的可內服碘化鉀，如孢子絲菌病。有的要用二性黴素B，合並5-氟胞嘧啶治療。也可用三唑類藥物如伊特拉康唑、氟康唑等。
深部真菌病 真菌侵犯體內各個臟器時引起的疾病，有時（特別是早期）診斷困難，需要綜合病史、臨床表現及化驗室檢查（包括真菌檢查），才能確診。除幾種特殊的深部真菌病（如球孢子菌病、組織胞漿菌病等）外，一般條件致病真菌，如念珠菌、毛黴、曲黴等引起的感染，都要從同一個系統中多次分離出同一種真菌，才能高度懷疑為本病。最好作病理檢查，查到組織內有侵入的菌絲、芽胞及其周圍的急性、亞急性或慢性炎癥，則可確診。但最後還要鑒定真菌的菌種。在病理上隻能確定到哪一類菌，例如曲黴的菌絲分隔較窄，分枝呈銳角，而毛黴則菌絲寬大，無分隔，分枝多呈直角。
條件致病菌也稱機會真菌，它引起的真菌病要有一定的條件，機體抵抗力低下（如白血病、淋巴瘤、糖尿病等）或有長期大量廣譜抗生素使用史，糖皮質類固醇激素、免疫抑制劑、放射等的應用，器官移植，導管的使用，體內高糖、高蛋白、高脂類的靜脈輸入等，使得許多條件致病菌，如念珠菌、曲黴、毛黴等，甚至花斑癬的致病菌，糖秕馬拉色菌等發展繁殖，引起敗血癥或系統性感染。機會真菌感染早期的癥狀之一是口腔、咽部鵝口瘡；其次註意全身癥狀，如發冷發熱、肺部和其他系統感染癥狀，用抗生素治療無效者要提高警惕；還要註意檢查尿、痰的真菌情況，如果發現菌絲，要作進一步檢查，包括真菌培養和病理檢查，尿中真菌孢子數量如每毫升超過1000個，可考慮感染。如果原發病嚴重，已到晚期，條件致病的感染常常也很嚴重，就較難治愈。不過目前系統性抗真菌藥有一定效果，部分患者可得以挽救。
真菌過敏癥 吸入真菌孢子或真菌產物引起的過敏性疾病。有兩種：①有的人有傢族遺傳過敏體質，吸入青黴、曲黴、鏈格孢、枝孢黴等的孢子後可以發生支氣管喘息。支氣管喘息有的是在兒童期達到高峰，成年後逐漸好轉；也有少數是40歲以後發病，隨年齡增長逐漸加重，可發展成肺氣腫，頑固難治。②長期接觸真菌孢子後發生過敏，常常是職業上的原因，如農民肺，因接觸發黴的幹草或其他發黴的農作物，吸入大量真菌孢子而產生急性或慢性的肺部疾患。急性者常有發冷發熱、疲乏，數日後緩解，肺部 X射線檢查顯示輕度纖維性改變。慢性型是長期與過敏原接觸，產生敏感，導致陣發性呼吸困難、氣管阻塞、口唇青紫、慢性咳嗽等癥狀。X射線檢查有大片纖維性改變、間質性肺部浸潤，有時也可見粟粒狀浸潤結節，偶可引起衰竭而死亡。此病見於潮濕溫暖地區，應早期確診，避免接觸過敏原。
少見的真菌病 主要有瘢痕疙瘩性真菌病和假性阿利舍菌病兩種。
藻病 由無綠藻中的原藻屬引起。不是真菌病，但很象真菌病，因此列於此處。常為外傷後感染得病，損害似肉芽腫病變。鏡檢、培養鑒定證實此菌即可診斷，可試用二性黴素 B治療，也可加用轉移因子及外科手術。