孫中山為維護《中華民國臨時約法》，反對北洋軍閥的獨裁專制統治而發動的戰爭。自1917～1922年先後進行二次。
第一次護法戰爭 1916年6月袁世凱死後，副總統黎元洪繼任中華民國總統，段祺瑞出任北京政府國務總理，在當時形勢推動下，宣佈恢復《臨時約法》和召集國會。隨後他們之間展開瞭激烈的權力鬥爭，張勳乘機帶兵入北京脅迫解散國會，並復辟帝制。段祺瑞在張勳復辟失敗後，再次出任任總理，掌握北京政府實權，拒絕恢復《臨時約法》和召集國會。為此，孫中山號召全國進行護法鬥爭。1917年7月中旬，他同廖仲愷、朱執信、章炳麟等到廣州，提出護法的宗旨是打倒假共和，建設新共和。桂軍和滇軍的首領陸榮廷、唐繼堯因與段祺瑞的武力統一政策存在矛盾，也表示贊成孫中山南下護法，但企圖控制運動為其所用。北京政府海軍總長程壁光響應孫中山的號召，率北洋第一艦隊南下護法，壯大瞭護法運動的聲勢。國會議員百餘人南下到廣東，於8、9月間，在廣州召開國會非常會議，通過《中華民國軍政府組織大綱》，決議成立中華民國軍政府，選舉孫中山為軍政府海陸軍大元帥，從而大大鼓舞瞭各地反對北洋軍閥黑暗統治的力量。(見彩圖)。
護法軍政府
孫中山號召討伐段祺瑞等北洋軍閥。護法軍政府所統轄及響應護法的軍隊有湘、桂、粵軍等約十五萬人以上，組成聯軍，10月在湖南與北洋軍接戰，開始瞭護法戰爭。11月護法聯軍轉為優勢，先後攻占長沙、嶽陽。各省護法軍紛紛響應。戰場擴展到湖南、湖北、四川、廣東、福建等省。11月下旬陸榮廷等暗中與
直系軍閥謀和，阻撓和破壞南方護法軍的進攻；並拉攏政學會分子等國會議員，用內部改組的方法，剝奪孫中山的領導權。1918年2月26日，擁護孫中山的海軍總長程壁光被暗殺。同年5月桂系操縱國會非常會議，用“總裁合議制”代替大元帥制，孫中山被迫辭去大元帥職務，離廣州去上海。護法軍政府實際權力被西南軍閥所篡奪，第一次護法戰爭宣告失敗。
圖 1917年9月10日，軍政府舉行海陸軍大元帥孫中山就職典禮後留影
孫中山在廣東任職期間，曾致力建立一支可靠的軍隊，將省長朱慶瀾的二十營省防軍近五千人撥交陳炯明指揮。該部經過整頓補充，1918年初組成援閩粵軍開往福建作戰，打敗瞭李厚基的北洋軍，建立瞭閩南護法區，人數發展到兩萬多人。第一次護法戰爭雖失敗，但由於粵軍的存在和發展，為孫中山返回廣東重建革命政權準備瞭條件。
第二次護法戰爭 直系軍閥在直皖戰爭後，控制瞭北京政府的主要權力，推行武力統一政策，支持桂系軍閥進攻閩南護法區。1920年8月駐閩粵軍響應孫中山的號召，回師廣東討伐桂系軍閥。粵軍占領廣州後，孫中山於11月底回到廣州，宣佈重建軍政府，繼續執行護法職務。同時，國會議員也相繼返粵，準備重開國會非常會議，第二次護法運動開始。1921年4月，國會非常會議通過《中華民國政府組織大綱》，選舉孫中山為非常大總統，5月5日宣誓就職。1921年6月孫中山命令粵、贛、黔、滇各軍進攻廣西，陸榮廷被迫下臺，兩廣得到統一。12月孫中山到桂林組成大本營，決定抽調部隊取道湖南北伐，得到粵軍許崇智、李福林等部的擁護。當時陳炯明擔任軍政府內政兼陸軍總長和粵軍總司令兼廣東省長。他暗中勾結直系軍閥，標榜“聯省自治”，反對北伐，準備推翻廣州革命政權。孫中山決定以廣東省境內的韶關為大本營，改道江西北伐，並免去陳炯明的部分職務。1922年夏季，孫中山發動瞭討伐直系軍閥的戰爭。北伐軍由部分粵、滇、贛、湘軍組成，共四萬人，在李烈鈞、許崇智等率領下，從粵北入贛南進攻陳光遠指揮的北洋軍。北伐軍初戰告捷，出現勝利進軍的局面。6月中旬北伐軍攻占贛州城，前鋒逼近吉安，形成直搗南昌的態勢。值此關鍵時刻，陳炯明在直系軍閥和英帝國主義支持下，發動瞭反對孫中山的武裝叛亂，他先密令葉舉等將陳部粵軍四十多營帶回廣州，破壞北伐軍的後方。6月1日孫中山被迫從韶關回到廣州，身邊隻有警衛團五百人，而陳炯明控制的軍隊達兩萬五千人。6月16日陳部炮轟總統府，欲置孫中山於死地。孫中山適時地轉移到“永豐”艦上堅持與叛軍鬥爭。直到北伐軍回師韶關失利，至8月9日離粵赴滬，第二次護法戰爭又告失敗。