在中國北方歷時一百三十多年的十六國時期中，各王朝不斷交替，立國久者幾十年，短者僅兩年。每一國當西晉數州、或一州、或不足一州之地，境域時有伸縮，州郡屢有變遷，因此，這個時期的政區，十分混亂。
西晉末年，全國有二十一州，大致在淮河、桐柏山、秦嶺以北為司、兗、豫、青、徐、冀、幽、平、並、雍、涼、秦十二州（略有參差，部分州伸展至長江流域），以南為梁、益、甯、荊、江、湘、揚、交、廣九州。十六國約當西晉北方十二州及南方梁、益二州地，，各政權境域一般不大，但往往分置許多州，以致州境縮小，如劉曜在位時，前趙約占西晉雍秦兩州，卻分為雍、秦、朔、幽、益、並六州；苻堅在位時，前秦地域最大，約有西晉十四州，共分為司隸、雍、秦、南秦、洛、豫、東豫、並、冀、幽、平、涼、河、梁、益、寧、兗、南兗、青、荊、徐、揚二十二州；北燕僅有西晉平州之半，也設平、幽、冀、並、青五州。
各政權為求虛名，以示境域廣大，常將境外的州，取其舊名置於境內，造成西方的州名移至東方，南方的州名移至北方等。例如後燕置雍州於長子(今山西長子東)；劉聰時，漢[ID=han_shiliu]置荊州於洛陽，成漢置荊州於巴郡（今重慶市）；劉淵時，漢置幽州於離石（今屬山西）；劉曜時，前趙置幽州於北地（今陜西耀縣）；南燕置幽州於發幹（今山東聊城西），夏[ID=xia_shiliuguo]置幽州於大城（今內蒙古伊克昭盟杭錦旗東南）；南燕置並州於陰平(今江蘇沭陽北)，北燕置並州於白狼（今遼寧建昌），置青州於營丘（今遼寧錦州一帶）；前趙置益州於仇池（今甘肅西和南），西秦置益州於漒川（今白龍江上遊一帶），等等。各政權並存時，往往同時存在幾個同名異地的州，如北燕、南燕、夏、北魏同時有幽州，後秦、北燕、北魏同時有冀州和並州等。
西晉永嘉以後，中原人民大量流遷，東晉設置僑州郡縣，以管轄南遷人民，另一部分人北遷到東北和西北，十六國也有專為流人設置的郡縣。約317年，慕容廆以流遷到遼東的冀州人設冀陽郡，豫州人設成周郡，青州人設營丘郡，並州人設唐國郡。347年前燕廢冀陽、成周、營丘等郡，以勃海人為興集縣，河間人為寧集縣，廣平、魏郡人為興平縣，東萊、北海人為育黎縣，吳人為吳縣。河西走廊西晉末已有為流民設置的郡縣，301年，張軌為涼州刺史，以秦、雍流人設武興郡(今甘肅武威西北)。苻堅建元末年，江漢人萬餘戶、中州人七千餘戶、武威及張掖以東人數千戶西遷敦煌、晉昌，西涼建初元年(405)，以南人置會稽郡，中州人置廣夏郡，餘置武威、武興、張掖三郡。這些郡縣略同於東晉南朝的僑州郡縣，隻是並未全部采用流人原籍的地名。
十六國一些政權胡漢分治，如前趙劉聰置左、右司隸，各領戶二十餘萬，萬戶置一內史。凡內史四十三，主要統轄漢人；單於左、右輔，各主六夷十萬落，萬落置一都尉，主要統轄胡人。其他還有鎮、城等，如後秦有匈奴鎮、西秦有大夏鎮等；夏的州均置於城，州以下未見有郡、縣記載。
北魏統一中原後，著手劃一政區，但因州境縮小，郡就逐漸失去意義，到隋代又演變為州、縣兩級制。