以電腦科學理論和應用研究為基礎，以電腦軟體高技術的研究開發、高級人才培養和產業建設為主導的綜合性的國傢級基地型研究所。簡稱中科院軟體所。1985年在北京成立。集中瞭中國科學院計算技術所、計算中心和數學所的軟體力量建成。2007年有中科院院士4人。設有中科院電腦科學重點實驗室、資訊安全國傢重點實驗室（共建）、平行計算實驗室、中科院資訊安全工程研究中心、軟體工程技術研究中心、開放系統和中文資訊處理中心、多媒體通信和網路工程研究中中心、人機交互技術和智能信息處理實驗室、互聯網軟件技術實驗室等。截至2007年底，共獲得國傢自然科學獎一等獎1項、二等獎2項、三等獎1項，國傢科技進步獎二等獎6項、三等獎2項，為中國軟件產業和國傢信息化建設作出不可替代的貢獻。刊物有《軟件學報》、《中文信息學報》和《計算機系統應用》。