通過不同基因型的個體之間的交配而取得某些雙親基因重新組合的個體的方法。遺傳學中經典的也是常用的實驗方法。一般情況下把通過生殖細胞相互融合而達到這一目的的過程稱為雜交，而把由體細胞相互融合達到這一結果的過程稱為體細胞雜交。雜交產生的後代稱為雜種。不同種屬之間，或是地理上遠緣的種內亞種之間個體的交配稱為遠緣雜交，所得個體稱為遠緣雜種>。相反地，親緣關系極近的個體間雜交稱為近親交配，或稱近交，包括兄妹雜交、半兄妹雜交等（見近親結婚）。近交可以用來建立純系。同一個體或同一無性繁殖系的個體間交配稱為自交。除自交之外的一切交配，不論親體雙方的基因型有無差異都屬於異交。雜交的親代用符號P表示。交配符號為×，所得雜種稱子一代，以F1表示。子一代自交（以符號○表示）所得後代稱子二代(F2)，依此類推。作為母體（指動物）或母本（指植物）的親代個體以符號♀表示，一般寫在雜交符號(×)的左邊；作為父體（或父本）的親代個體以♂表示，一般寫在×的右邊。
回交 子一代個體與其親代個體之一的雜交。回交所得子代稱為回交子一代(BF1)，如將BF1再與同一親代回交，後代個體即為回交子二代(BF2)，依次類推。用於回交的親代稱輪回親本。
測交 為G.孟德爾所首創。雜種個體與純合隱性品系個體之間的雜交。統計測交後代表型的比例即可知道該雜種個體配子的基因型和各類基因型配子的比例。測交對於論證孟德爾定律具有重要作用。
單因子雜交和雙因子雜交 親體雙方隻有一對等位基因差異的雜交方式稱為單因子雜交，所得雜種稱為單因子雜種。研究單因子雜種後代便可以確定性狀的顯隱性關系並可以由此發現致死突變和減數分裂驅動等異常遺傳現象。親體雙方有兩對等位基因差異的雜交方式稱為雙因子雜交，所得雜種稱雙因子雜種。研究雙因子雜種後代的分離比，在分析基因的相互作用、連鎖交換和確定基因連鎖群等方面具有重要意義。單因子雜交和雙因子雜交常用基因型符號表示親代雙方組合，如AABB×aabb。如果雜交親體雙方存在三對以上的等位基因差異則統稱為多因子雜交，所得雜種統稱為多基因雜種，在基因定位中常用的三點測驗采用的是三因子雜交。
正反交 兩個品系或兩種基因型的個體交替作為母本和父本所進行的兩次雜交。正反雜交法一般可用於檢測染色體外遺傳。