藻類植物的1門。單細胞，含有葉綠素a、c、c2和α、β、ε胡蘿蔔素及矽甲藻素、矽黃素巖藻黃素，同化產物為金藻昆佈糖。細胞壁裏有兩片矽質殼，一大一小，像盒子一樣套在一起。兩片矽質殼，大的套在外面，叫上殼，較老；小的在裏面，叫下殼，較年輕。約11000種。大多水生，幾乎在所有的水體裏都生長，隻有極少數生活在陸地潮濕處。
矽藻常用一分為二的繁殖方法產生。。分裂之後，在原來的殼裡，各產生一個新的下殼。盒面和盒底分別名為上、下殼面。殼面彎伸部分名殼套。上下殼套向中間伸展部分，稱相連帶。上下相連帶總稱為殼環，這個面稱殼環面。有些種類，如根管藻（Rhizosolenia），在殼環面細胞壁上還有很多次級相連帶，或稱間板。細胞質和一般植物細胞相似。生殖方法有形成復大孢子、小孢子和休止孢子等。
矽藻是水生動物的食料。浮遊矽藻是海洋中的主要的初級生產力。分類學傢們一般認為矽藻來源於鞭毛藻，為一個特殊的分支。有現在生存的和化石的種類。根據殼面花紋的排列，將本門分為中心綱和羽紋綱。