植物根表及近根土壤中的微生物。根際一詞是希爾特納於1904年提出的，指植物的根表以及受根系直接影響的土壤區域。根際微生物在數量和品質上都與根際以外的微生物不同。根際微生物數量常比根際以外的微生物數量高幾倍至幾十倍，個別的細菌群可高達上千倍(平板計數)。這兩者的數量比稱為根土比(R∶S)，表示植物根系對微生物的影響程度，所以又稱根際效應。
根際微生物以細菌為主，並且是革蘭氏陰性菌佔優勢。常見的有假單胞菌、黃桿菌、產堿桿菌、、土壤桿菌和色桿菌等。根際中的革蘭氏陽性短桿菌、球菌、芽孢桿菌反而比根際以外少。真菌、放線菌的根際效應一般不明顯。原生動物於根際有增長，它們以細菌為食，數量高峰出現在細菌數量高峰之後。在表土以下的根際藻類很少。根際細菌中需要氨基酸營養的菌數大，生長速度快。根際中氨化細菌較多，根土比可在100以上，能積極分解根際有機氮化合物，但在根際中積累的無機氮化合物並不多，它們一方面被植物吸收，另一方面被微生物固定。根際內纖維分解菌也較少，分解根區脫落細胞的胞壁纖維素。如果有硝酸鹽存在，根際的反硝化作用相當強，反硝化細菌的根土比可在1000以上。自生固氮菌在很多植物根際數量較大，如在小麥及燕麥根際的圓褐固氮菌；在雀稗根際的雀稗固氮菌；在熱帶雜草俯仰馬唐根際的產脂固氮螺菌。後兩者還可進入植物根內，它們的固氮能力均較強。
植物根系的分泌物以及根系的脫落細胞，為根際微生物提供瞭營養。植物根分泌物有各種氨基酸、有機酸、碳水化合物等，它們都是一般腐生性細菌利用的營養物質。植物種類、品系、年齡及生理狀況都影響根分泌物的質和量，因而也影響根際微生物的類群和數量，一般在植物初花期，根分泌物多，根際微生物數量最大。在植物生長後期，根際微生物結構也有變化，一般表現為真菌及放線菌的數量增多。
大多數根際微生物對植物無害，或對植物生長有促進作用。它們在根際的生命活動中，由呼吸作用放出二氧化碳或代謝產酸有助於難溶礦物質的溶解，增加植物對磷及其他礦質元素的吸收。此外，它們分泌的生長刺激素類物質（如吲哚乙酸，赤黴素等）還能促進植物生長。植物也分泌殺害或抑制微生物生長的物質，是造成不同植物的根際微生物組成和數量不同的原因之一。有些根際微生物分泌抗生素，可抑制植物病原微生物的繁殖。在植物根際也有土著性的病原微生物，它們或是引起植物病害，或是產生有毒物質，對植物生長不利。