地質時期曾廣泛分佈，現僅殘存於局部區域內的古老植物種類。它在某個現代植物區系中通常佔有小而不連續的殘遺分佈區，是植物區系歷史發展的具體標誌。又稱為孑遺種或活化石。
確定一個種是否殘遺種，首先必須借助於化石資料，如1945年在中國湖北省利川縣和四川省萬縣、石柱縣發現的水杉(Metasequoia glуptostroboides)，是第三系地層中廣泛分佈的化石屬的殘存者。其次應用間接接的植物地理學方法來確定，即結合它的分佈區類型分析它在進化系統中的位置、近緣種的分佈區、所在群系中的區系成分以及當地的地質歷史。因此，殘遺種相應分為：①分類學殘遺種，即系統發育古老的種乃至種以上單位，如銀杏(Ginkgo biloba)、蓮(Nelumbo nucifera)、鵝掌揪(Liriodendron)等。②地理殘遺種，由於地理環境變化而帶有殘存特征的植物種類，主要決定於它的分佈區歷史。地理殘遺種又可分為：氣候殘遺種，現在生長的氣候條件與該種起源時的氣候條件已不相同，但仍保存至今的種，如北極花(Linnaea borealis)在長白山等地的島狀分佈，是極地寒冷氣候的殘遺種；地貌殘遺種，指那些由於地貌變化，而不是由於氣候變化殘存於局部地方的某些植物種類，如中國滇藏的很多高山櫟類；土壤殘遺種，由於土壤條件變化形成的殘遺種類，如鹽沼中的海韭菜(Triglochin maritimum)出現在高山沼澤中；群系殘遺種，過去的植物區系發生很大變化，其中一些殘存在現代植物區系中，占據有限分佈區的植物種類。③人為殘遺種，指由於人類活動影響而漸趨消滅的植物，往往通過栽培獲得保全下來的種，又稱為栽培殘遺種。殘遺種集中分佈的中心稱為殘遺中心。它在某種情形下可與該種所屬的植物區系的古代發展中心相符。
殘遺種年齡主要根據它們占有現在生境的時間來確定，可分為：①第三紀前的；②第三紀的；③冰期的；④間冰期的；⑤冰後期的。
如果殘遺種逐漸占據生態條件適合的次生生境，形成次生分佈，成為遷移殘遺種；其次生生境是假殘遺生境，因此這個種對於它所侵入的植物區系來說是假殘遺種。殘遺種隻在其原生生境中才是真殘遺種，一般隻適應特殊條件，分佈區不擴大，即使擴大，范圍也有限，隻占據一個收縮的分佈區。由於變異和適應能力逐漸消失而處於逐漸絕滅的過程中的殘遺種是所謂“瀕危種”。個別在進化過程中殘留下來的中間類型可稱為進化殘遺種，如介於木蘭科（Magnoliaceae）和金縷梅科( Hamamelidaceae)之間的水青樹(Tetracentron sinense)。