種子的胚從相對靜止狀態變為生理活躍狀態，並長成營自養生活的幼苗的過程（見彩圖）。生產上往往以幼苗出土為結束。種子萌發的前提是種子具有生活力，解除瞭休眠，部分植物的種子還需完成後熟過程。
歐洲白櫟堅果生出的胚根及側根
歐洲白櫟的種子萌發——胚芽與胚軸出現
歐洲白櫟的種子萌發——兩大瓣子葉包圍著胚芽和胚軸
歐洲白櫟的種子萌發——胚芽的發育：可以看到第一個嫩梢
頂端長出嫩葉，子葉常封閉在堅果內
一株具完整根系、主幹和若幹葉片的幼苗
萌發過程 種子從吸脹開始的一系列有序的生理過程和形態發生過程，大致可分5個階段：①吸脹。為物理過程。種子浸於水中或落到潮濕的土壤中，其內的親水性物質便吸引水分子，使種子體積迅速增大（有時可增大1倍以上）。吸脹開始時吸水較快，以後逐漸減慢。吸脹的結果使種皮變軟或破裂，種皮對氣體等的通透性增加，萌發開始。②水合與酶的活化。這個階段吸脹基本結束，種子細胞的細胞壁和原生質發生水合，原生質從凝膠狀態轉變為溶膠狀態。各種酶開始活化，呼吸和代謝作用急劇增強。如大麥種子吸脹後，胚首先釋放赤黴素並轉移至糊粉層，在此誘導水解酶（如 α－淀粉酶、蛋白酶等）的合成。水解酶將胚乳中貯存的淀粉、蛋白質水解成可溶性物質(麥芽糖、葡萄糖、氨基酸等)，並陸續轉運到胚軸供胚生長的需要，由此而啟動瞭一系列復雜的幼苗形態發生過程。③細胞分裂和增大。這時吸水量又迅速增加，胚開始生長，種子內貯存的營養物質開始大量消耗。④胚突破種皮。胚生長後體積增大，突破種皮而外露。大多數種子先出胚根，接著長出胚芽。⑤長成幼苗。以後長出根、莖、葉，形成幼苗。有的種子的下胚軸不伸長，子葉留在土中，隻由上胚軸和胚芽長出土面生成幼苗，這類幼苗稱為子葉留土幼苗，如豌豆、蠶豆等。有些植物如棉花、油菜、瓜類、菜豆等的種子萌發時下胚軸伸長，把子葉頂出土面，形成子葉出土幼苗。
種子萌發的外界條件 種子萌發要求有適宜的水分、溫度和氧供應。有些植物的種子萌發還受光照有無的調節。
水 休眠的種子含水量一般隻占幹重的10％左右。種子必須吸收足夠的水分才能啟動一系列酶的活動，開始萌發。不同種子萌發時吸水量不同。含蛋白質較多的種子如豆科的大豆、花生等吸水較多；而禾谷類種子如小麥、水稻等以含淀粉為主，吸水較少。一般種子吸水有一個臨界值，在此以下不能萌發。例如大豆萌發時要求最低吸水量為風幹重的120％，而小麥則為60％，水稻為35～40％。
溫度 各類種子的萌發一般都有最低、最適和最高3個基點溫度。溫帶植物種子萌發，要求的溫度范圍比熱帶的低。如溫帶起源植物小麥萌發的3個基點溫度分別為：0～5℃，25～31℃，31～37℃；而熱帶起源的植物水稻的3基點則分別為10～13℃，25～35℃，38～40℃。還有許多植物種子在晝夜變動的溫度下比在恒溫條件下更易於萌發。例如小糠草種子在21℃下萌發率為53％，在28℃下也隻有72％，但在晝夜溫度交替變動於28℃和21℃之間的情況下發芽率可達95％。種子萌發所要求的溫度還常因其他環境條件（如水分）不同而有差異，幼根和幼芽生長的最適溫度也不相同。
氧 種子吸水後呼吸作用增強，需氧量加大。一般作物種子要求其周圍空氣中含氧量在10％以上才能正常萌發。脂肪種子也叫含油種子，如大豆、花生等的種子萌發時需氧更多。空氣含氧量在5％以下時大多數種子不能萌發。土壤水分過多或土面板結使土壤空隙減少，通氣不良，均會降低土壤空氣的氧含量，影響種子萌發。
光 有少數植物如黃榕、煙草和萵苣的種子在無光條件下不能萌發。這類種子叫需光種子。有些植物如早熟禾、月見草屬的Oenothera bienusis和毛蕊花等的種子在有光條件下萌發得好些。還有一些百合科植物和洋蔥、番茄、曼陀羅的種子萌發則為光所抑制，這類種子稱為嫌光種子。需光種子一般很小，貯藏物很少，隻有在土面有光條件下萌發，才能保證幼苗很快出土行光合作用，不致因養料耗盡而死亡。嫌光種子則相反，因為不能在土表有光處萌發，避免瞭幼苗因表土水分不足而幹死。此外還有些植物如萵苣的種子萌發有光周期現象（見光敏素）。
研究意義 瞭解作物種子萌發所需的條件，掌握土壤濕度和播種深度，對於播種後早出苗、出全苗極為重要，是獲得高產的第一步。有些作物如早稻的某些品種，種子沒有休眠期，收獲時如遇雨水和高溫，就會在農田或打谷場上的植株上萌發，這種現象稱為胎萌。種子在貯藏時如果濕而熱也會萌發。有些雜草種子由於休眠期的個體差異，或在土層內分佈深度不同，在若幹年內陸續萌發，使防除困難。
參考書目
A.M.Mayer，A.Poliakoff-Mayber，The Germination of Seeds，3rd ed.，Pergamon Press，London，1982.