藻類植物的1門。均為單細胞種類，色素除葉綠素a 和c外，還含有α-胡蘿蔔素，甲藻黃素及藻膽素。體形不對稱，有背腹面。細胞無細胞壁，僅具有柔軟到堅固的周質。僅有隱藻綱1綱，約90種。中國有3種，均發現於淡水。常見的種類有卵形隱藻等，多生長在污水中，在養殖上是魚類主要天然餌料之一。還有些生長在清水、泥炭沼澤及海水中的種類。
隱藻門植物腹側前端偏於一側具向後延伸的縱溝及明顯而特殊的咽喉構造，咽喉深入於細胞裏，包被著粒狀的刺絲胞胞(Trichocysts)或毛，鞭毛多為2條，略不等長，罕為一條，自腹側近前端伸出，個別類群側生，有的僅在浮遊時期才有。色素體1～2塊，大形，葉狀，多呈黃綠或黃褐色，罕為藍綠、綠或紅色，也有無色的。具蛋白核或無。貯藏物質為淀粉和類似淀粉的物質，核單一，一般位於細胞的近後端。伸縮泡一至數個，位於細胞前端（見圖）。在遊動狀態下，由細胞縱裂進行無性繁殖，並常經過暫時的四集體時期，再產生與營養細胞同樣的個體。沒有有性生殖。
1914年，A.帕舍爾提出建立隱藻綱，隸屬於甲藻門。但兩門藻類的形態構造並不同。因此，許多學者建議把它從甲藻門中分出來，作為一個獨立的類群──隱藻門。隱藻綱下分2目：①隱藻目(Cryptomonadales)，②隱球藻目(Cryptococcoles)。