微生物學的分支學科之一。它主要研究微生物的形態與發生、結構與功能、生長與繁殖、代謝與調節。
19世紀70年代以後，隨著人們對釀酒、動植物病害、人類疾病的防治和土壤微生物活動等的研究，微生物生理學逐漸興盛起來。1905年，A.哈登和W.J.楊發現磷酸鹽對酒精發酵的作用；1911年，C.諾伊貝格開始對酒精發酵作系統的研究；20世紀30年代，生物化學的進展（如O.邁爾霍夫、O.H.瓦爾堡和H.A.克雷佈斯等人對發酵、呼吸、生物物氧化機制的闡明）推動瞭人們對微生物代謝的研究。隨後，A.J.克勒伊沃和C.B.范尼爾等人又從比較生物化學的角度說明某些微生物的相互關系和生理學問題。1933年，克勒伊沃建立瞭搖床培養技術，導致現代化微生物工業深層培養的生理研究和應用。同時，同位素、電子顯微鏡、超速離心、微量快速生物化學分析以及生物化學突變株等技術的普遍應用，也推動瞭微生物生理學研究的發展。
微生物種類繁多，生理類型復雜，就營養和能量轉換而論，既有像動物那樣異養生活的類群，也有像植物那樣進行光合作用的自養類群。另外還有利用化能的自養類群以及與其他生物具有共生或寄生關系的類群。在碳的同化方面，除一般的代謝類型外，微生物還有許多特殊的代謝途徑，可以產生有機酸、溶劑、脂肪酸、維生素、多糖等對人類有用的產物，也可產生氧化烴、芳香族化合物等，從而清除污染環境的物質。另外，微生物還可產生抗生素(見抗生素發酵微生物)、色素、毒素、甾體化合物等次級代謝產物。氮的利用方面，微生物有能利用有機氮化合物的類群，也有能利用無機氮的類群。固氮菌、根瘤菌、藍細菌和某些異養菌能夠直接同化大氣中的氮。微生物的能量產生方式因好氧生活、厭氧生活或兼性生活而有所不同。光合細菌可通過光合磷酸化方式獲得能量，好氧菌可由氧化磷酸化獲得能量，厭氧菌可由底物水平的磷酸化獲得能量。在這些過程中，最終電子受體不是分子氧，而是硝酸鹽、硫酸鹽等。
隨著分子生物學的發展，微生物生理學的研究不斷地向以下幾個方面深入：①細胞中的生物化學轉化、能量的產生和轉換；②生物大分子的結構與功能(核酸與蛋白質的合成、遺傳信息的傳遞以及膜的結構和功能等）；③ 分子水平上的形態建成、分化及其行為等。近年來，微生物生理學的研究擴展到瞭新的或過去不引人註意的微生物類群和可更新能源方面，這使人們對分解纖維素微生物和甲烷產生菌的生理進行深入的考察，並從化能自養菌的研究擴展到利用硫桿菌進行微生物浸礦。另外，維生物與其他生物之間的共生、寄生關系是人們多年來一直註意的領域，尤其是共生固氮的研究已有較大的進展。能使石油氧化、農藥降解和人工合成的高分子物質分解的微生物，也越來越多地成為人們研究的對象。總之，每一新菌屬和新現象的發現（例如，最近在小球藻中發現瞭一種新的蛭弧菌），都將為微生物生理學研究提供新的對象，開辟新的領域。
參考書目
I.W.道斯和E.W.薩瑟蘭著，中國科學院上海植物生理研究所微生物室譯：《微生物生理學》，科學出版社，北京，1980。(I.W.Dawes，E.W.Sutherland，Microbial Physiology，Blackwell Scientific Publications Ltd，Oxford，1976.)