研究微生物的基本方法。將特定的微生物個體從群體中或從混雜的微生物群體中分離出來的技術叫作分離；在特定環境中隻讓1種來自同一祖先的微生物群體生存的技術叫作純化。
分離技術主要是稀釋和選擇培養。稀釋是在液體中或在固體表面上高度稀釋微生物群體，使單位體積或單位面積僅存留一個單細胞，並使此單細胞增殖為一個新的群體。最常用的為平板劃線法。如果所要分離的微生物在混雜的微生物群體中數量極少或者增殖過慢而難以稀釋分離時，需要結合使用選擇擇培養法，即選用僅適合於所要分離的微生物生長繁殖的特殊培養條件來培養混雜菌體，改變群體中各類微生物的比例，以達到分離的目的。為保證分離到的微生物是純培養，分離時必須用無菌操作。