參與礦床的形成與破壞的微生物。1962年，Н.И.庫茲湼佐夫提出：分佈在硫礦床、硫和鐵伴生的金屬硫化礦床、煤礦床的酸性礦水中、酸性熱泉地區、淤泥以及海水裏的微生物是礦床地球化學活動的參與者。主要類群有：①專性化能自養和兼性化能自養菌，如硫桿菌屬的排硫桿菌、氧化硫桿菌、氧化亞鐵硫桿菌和嗜酸熱硫球菌等，它們靠氧化硫代硫酸鹽、硫或硫化物和還原態金屬硫化礦物等生成硫酸鹽獲得能量；②異養厭氧菌，如脫硫弧菌，主要從有機物質得到能量，還原硫酸鹽為硫化氫；③異養菌，如芽孢孢桿菌屬的環狀芽孢桿菌等釋放的有機酸可作為金屬的螯合劑和絡合劑；④嘉利翁氏菌屬、生金菌屬、纖發菌屬、鐵細菌屬和球發菌屬等，在弱酸性和堿性介質中，把亞鐵氧化成氫氧化鐵沉淀物；⑤海水裡的某些真菌，可吸附海水裡的銅、鈾、錳和稀有元素呈核狀沉淀物。
硫礦微生物 1964年，M.B.伊萬諾夫提出次生硫礦的硫是在形成沉積的礦床中次生形成的，共生硫礦則是與圍巖同時沉積形成。脫硫弧菌將地層內的硫酸鹽還原成硫化氫並轉為硫化物，然後由化學氧化以及排硫桿菌將硫化物氧化成硫，形成次生或共生的硫礦。當硫礦裸露於地表或與含氧的地表水接觸時，再由排硫桿菌、氧化硫桿菌將硫氧化為硫酸，使礦水酸化至pH0.5～1.0，導致硫礦床的破壞。
金屬硫化礦床微生物 1964年西爾弗曼、1967年凱利分別提出：氧化硫桿菌和氧化亞鐵硫桿菌類微生物能氧化多種金屬硫化物形成酸性礦水。酸性礦水把礦床中的金屬溶蝕、破壞礦床構造，使礦體停止裂隙。1971年，Т.И.卡拉瓦伊科提出：上述微生物在礦床的分佈取決於礦石的礦物成分、礦體裂隙和充水量。當地表水滲入裂隙時，又開始氧化過程，形成“鐵帽”和金屬硫酸鹽。這些金屬硫酸鹽沿著裂隙滲入地層較深的部位，在脫硫弧菌產生的硫化氫作用下，繼而形成次生金屬硫化礦床。
表生鐵礦微生物 自養鐵細菌的活動導致湖成及海成鐵礦的形成。參與鐵礦形成的微生物有纖毛菌屬、鐵細菌屬、球發菌屬、嘉利翁氏菌屬和生金菌屬等。
錳礦微生物 1964年，Б.В.佩爾菲利耶夫在鐵、錳沉積中發現生金菌屬，1969年，Г.А.杜比尼娜在錳礦及其圍巖中，也發現瞭上述細菌。
生物濕法冶金就是以大量的氧化亞鐵硫桿菌和氧化硫硫桿菌將硫化礦（或以氧化亞鐵硫桿菌將氧化礦或硫化礦）中的金屬轉化為硫酸鹽，進行回收。1966年，加拿大以細菌浸出鈾。中國已應用細菌法浸出銅礦和鈾礦。細菌浸出錳和鈷以及脫除精礦中的砷等，已完成半工業性試驗。高品位礦、精礦和復雜精礦（黃銅礦精礦、鋅精礦和鈾礦等）的細菌快速浸出法，也已完成半工業性試驗。