為瞭預防傳染病的輸入、傳出和傳播所採取的綜合措施，包括醫學檢查、衛生檢查和必要的衛生處理。早在14世紀，鼠疫在亞洲流行並通過商船往來傳入歐洲。義大利首先實行檢疫，以防止鼠疫傳入。檢疫一詞來自義大利語“quarantina”，意為“40”，即外來商船須在海港外停留40天，在此期間不發生鼠疫病人，商船才能入港，人員及貨物才能登岸。之所以要觀察40天，據說是紀念基督和摩西曾在沙漠中與世隔絕地生活瞭40天。有動物檢疫及植物檢疫。與人體健康有關的檢疫主要包括國境衛生生檢疫和疫區檢疫及地區間交通衛生檢疫。
國境衛生檢疫 是預防傳染病由國外傳入國內或由國內傳出國外的重要措施。每個國傢都按自己的需要規定瞭需要檢疫的病種，例如1986年12月2日通過的“中華人民共和國國境衛生檢疫法”規定檢疫的傳染病有鼠疫、霍亂、黃熱病以及國務院公佈的其他傳染病，並在國境處（如國際通航的港口、機場以及陸地入境處和國界江河的口岸設立國境衛生檢疫站，配備專業醫務人員代表國傢執行檢疫任務，對發病者，可疑病人及密切接觸者都要進行隔離或留檢。需要檢疫的病種，可根據具體情況而隨時調整，如天花原來是各國均要進行檢疫的病種，但由於天花已在全世界消滅，故這一病種已無檢疫的必要，種痘證明也隨之取消。若入境的交通工具來自檢疫傳染病疫區，被檢疫傳染病污染，或其中發現能引起傳染病的嚙齒動物或病媒昆蟲時，應進行消毒滅鼠、除蟲及其他衛生處理。
疫區檢疫及地區間交通衛生檢疫 當國內發生烈性傳染病，如鼠疫、霍亂時可進行這種檢疫，以防止疾病擴散。這種檢疫的原則是：①限制疫區和非疫區之間的交往（交通檢疫）。疫區人員原則上不離開疫區，必須離開時，到非疫區後應按該病的接觸者處理。對該病無免疫力的非疫區人員也禁止進入疫區。②搜索疫區內的全部傳染源(包括病人、病原體攜帶者等)加以隔離、治療。③疫區內進行消毒、滅蟲或殺滅保菌動物。④接觸者進行適當處理，對易感者接種疫苗或用藥物預防。實施各種預防措施後，到最後一個病例的接觸者的最長潛伏期，仍未再發生新的病例，疫區的檢疫才告終結。如鼠疫疫區的檢疫期，是從發現首例鼠疫病人起，到最後一個鼠疫接觸者接觸後9天止。