新四軍的第1、第2支隊和第6師及中共地方組織在江蘇長江以南堅持抗日鬥爭的基地。1937年12月南京淪陷，蘇南人民在中共地方組織領導下，紛紛組織抗日自衛團體。1938年夏，新四軍第1、第2支隊在陳毅、張鼎丞、粟裕、傅秋濤率領下挺進蘇南，建立茅山抗日遊擊根據地，後又東進和北上，發展淞滬和蘇中地區。1939年12月，中共蘇皖區委員會成立，吳仲超、譚啟龍、鄧仲銘先後任書記。1941年3月，蘇南地區抗日部隊編為新四軍第6師。4月，蘇皖區黨委改為江南區黨委，第6師師長長譚震林任書記；建立江南行政委員會，何克希任主任，下轄5個專員公署，建立瞭縣、區抗日政府和群眾團體。蘇南軍民不斷粉碎日偽軍的“掃蕩”、“清鄉”，加強瞭抗日根據地的建設。7月，日偽軍在蘇州、常熟、太倉地區“清鄉”，寧滬鐵路被封鎖。9月，蘇常太地區劃歸蘇中管轄。江南區黨委仍稱蘇皖區黨委。1942年5月，第16旅政治委員江渭清兼任蘇皖區黨委書記。1943年3月，蘇南區行政公署成立，江渭清兼主任。1945年1月，第1師主力南渡長江和第16旅會合，成立蘇浙軍區。隨後向浙西敵後進軍，使蘇南根據地獲得大發展，至7月，西起蕪湖，東至淞滬，北瀕長江，南抵浙西天目山麓已連成一片，建立19個縣級政權。10月，按照中共中央的戰略部署，蘇南根據地的部隊和黨政幹部北撤至蘇中。