清末政府管理全國海軍的機構。通稱海軍衙門，或稱海署。中法戰爭後，1885年（光緒十一年）10月設立。醇親王奕𫍽為總理大臣，慶郡王奕劻、北洋大臣李鴻章為會辦，正紅旗漢軍都統善慶、兵部右侍郎曾紀澤為幫辦。設立海軍衙門旨在統一全國海軍的行政管理，按1874年（同治十三年）清政府海防決策，先練北洋海軍，由李鴻章負責。因此海軍衙門的實際權力掌握在李鴻章手中。並且由於大部分經費撥給北洋，也使北洋海軍的地位遠居南洋海軍之上。但海軍衙門總經費拮據，不僅各省應解海軍專款多多數不能如期繳納，而且尚需從有限的經費中經常撥支奉獻內務府，作為修繕頤和園等皇傢宮苑的費用。1888年北洋艦隊建成，制訂《北洋海軍章程》，規定每三年特派大臣會同北洋大臣出海校閱一次。以後，1891年和1894年均按例舉行。1889年光緒帝親政後，奕𫍽仍總理海軍事務，但衙門章奏不會銜。1891年1月奕𫍽病死，奕劻繼為總理。幫辦善慶、曾紀澤也在此前故去，遺缺一度由臺灣巡撫劉銘傳補任，後又由正白旗漢軍都統定安、兩江總督兼南洋大臣劉坤一繼任。中日甲午戰爭中，北洋海軍於1895年2月在山東威海衛覆滅，次月海軍衙門即裁撤。