12～16世紀，秘魯曾是印加帝國的中心，印加文化在南美洲有深遠的影響。印加人在宗教祭祀和日常生活中都伴隨著音樂和舞蹈。他們認為自己是太陽的子孫，十分崇拜太陽神，在各地修建瞭許多太陽神廟。除瞭僧侶外，還選用少女在祭祀典禮中表演歌舞。印加音樂基本上為五聲音階。樂器則限於管樂器和打擊樂器。音樂活動已有相當的規模，據說當時曾有過多達百人的豎笛樂隊來為舞蹈伴奏。
16世紀初，秘魯淪為西班牙的殖民地。在3個世紀的殖民統治時期，由於歐歐洲移民及黑人奴隸的到來，居民成分不斷混雜，歐洲文化和非洲文化也隨之輸入，因此秘魯的傳統音樂文化也發生瞭變化。依據地理條件的差異和居民分佈的情況，秘魯的民間音樂分為3種類型：
東部熱帶叢林印第安人的音樂。這裡的印第安人大多從事漁獵，少量務農，音樂比較簡單。人們對此還缺少深入的研究。
中部安第斯高原印第安人的音樂。這裡受外來文化影響較小。他們直接繼承瞭印加的文化傳統，並保留瞭較純的印第安音樂風格。每年6月24日在印加帝國的古都庫斯科舉行太陽祭，是印第安民間藝術的一種盛會，這個地區的音樂特征是：較多采用不帶半音的五聲音階(GE D C A)，旋律多為下行，音程跳進幅度較大，羽調式居多；有的曲調則采用宮羽調式的交替。節拍中以偶數拍子最常見；但常把每拍細分為兩個音或三個音，常用切分節奏，重音落在每拍的第1個音上。見下例：
安第斯音樂的節奏模式
秘魯印加人在太陽祭中的音樂活動
在安第斯高原常流行一種近似花腔女高音的民間唱法，音域寬闊，高音區嘹亮，低音區寬厚，常用印第安語言或半印第安半西班牙語演唱。這裡典型的音樂體裁是“太陽頌”、“亞拉維”和“瓦伊諾”。太陽頌是源自印加祭祀太陽神儀式的一種音樂，風格莊嚴、節奏規整，常為雙數拍。亞拉維是一種抒情歌曲形式，常用來訴說男女青年在愛情上的波折，曲調哀傷，速度徐緩，羽調式3拍子居多。瓦伊諾源自印加的舞蹈音樂，速度中等，活潑輕快，一般為娺拍，並帶有切分音，是秘魯印第安人典型的民族舞蹈音樂。
安第斯高原流行的民間樂器很多。其中最主要的有排簫、蓋納笛、恰朗戈。排簫又稱安塔拉，是秘魯最古老的樂器之一，古代用石、陶土及金屬制作，現代多用竹、蘆葦等制作。排簫的形制多樣，一般能吹出五聲音階。蓋納是一種豎笛，音色獨特，使用廣泛。在古代曾用動物腿骨制成，現在多采用竹和木制作。蓋納笛一般有5～7個音孔，音色粗獷明亮。恰朗戈亦稱五弦琴，演奏方法與曼多林相近。
西部沿海地區的土生白人、混血種人和黑人的音樂。
土生白人和混血種人的音樂多用七聲音階，曲調進行比較平穩、圓滑，並常常采取平行三度的二聲部形式，樂曲結構比較對稱方整。常用慇和婰拍或兩者交替使用，歌詞采用西班牙語，用手風琴、小提琴、吉他、曼多林、薩克斯管等伴奏。典型的音樂體裁是秘魯圓舞曲，它把來自歐洲的圓舞曲與秘魯鄉土音樂融合在一起，風格獨特。馬裡涅拉是一種男女對舞舞曲，活潑、詼諧。舞蹈中還常常加進一些呼喊以渲染氣氛，內容常與愛情有關。
秘魯的黑人音樂又稱秘魯-非洲音樂。其特征是:節奏在音樂中起主要作用，切分節奏強烈，有時連續使用；同時也采用來自非洲的多線條節奏。打擊樂器多樣，如形似抽屜的木制打擊樂器卡洪已成為秘魯－非洲音樂的代表性樂器。曲調變化小，多重復，音域不寬。呼應式演唱形式比較普遍。殺牛舞和冬德羅舞這兩種音樂形式，節奏強烈多變，感情奔放激奮。
在長期的歷史進程中，印第安人、土生白人、黑人的音樂互相影響和滲透。西班牙占領期間，秘魯實際上是南美洲的政治文化中心。當時秘魯首都利馬和印加古都庫斯科的音樂活動很活躍，殖民地開始時期，傳教士便在教堂裡教授歐洲樂器的演奏及樂理。1631年在利馬刊印的一首四聲部樂曲是拉丁美洲最早出版的復調音樂作品，歌詞為印第安克丘阿語。1701年教堂樂師T.托雷洪-貝拉斯科創作瞭拉丁美洲的第1部歌劇《紫色玫瑰》。在秘魯獨立後的動蕩時期(1820～1880)，歌劇和沙龍音樂比較流行。
歐洲浪漫主義音樂對秘魯作曲傢的影響很大，如秘魯國歌的作者J.B.阿爾塞多(1788～1878)寫的某些宗教音樂作品便帶有浪漫主義音樂的風格。到19世紀末，秘魯的作曲傢開始註意采用本國的民間音樂和題材。C.雷瓦利亞蒂(1847～1909)創作瞭《秘魯狂想曲》。J.M.巴列-列斯特拉(1859～1925)創作瞭以著名的印第安古代史詩《奧連泰》為題材的歌劇，他的作品主題常運用五聲音階。D.阿洛米亞·羅夫萊斯(1871～1942)是一位印第安血統的民族音樂學傢，他曾在秘魯和玻利維亞收集瞭800多首民間音樂作品。其中一首是由一位117歲印第安老人唱的著名的《太陽頌》。
20世紀20～30年代從歐洲來到秘魯的作曲傢、音樂學傢A.薩斯對印加時期的音樂進行瞭專門的研究，他對促進秘魯民族音樂的發展有一定影響。